Mulder a Scullyová sa dozvedajú viac o práci Mulderovho otca na tajnom projekte, v pätách im však je ozbrojené komando, ktoré nezastaví žiadna prekážka.
(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)
Scullyová a Skinner na seba mieria zbraňami. Cez vstupné dvere sa do svojho vlastného bytu prebúra Mulder a so zbraňou v ruke žiada Skinnera, aby zložil svoju zbraň. Skinner súhlasí a agentom ukáže počítačovú pásku s tajnými súbormi. Tvrdí, že pomocou tejto pásky môžu usvedčiť Muža s cigaretou a ľudí, ktorí ju hľadajú a preto chce mať pásku stále u seba.
Mulder a Scullyová dajú fotografiu, na ktorej je vyfotografovaný Mulderov otec spolu s neznámymi mužmi na analýzu Osamelým strelcom. Tí na fotografii spoznajú iba jedného muža - Victora Klempera, nacistického vojnového zločinca, ktorý teraz žije na území Spojených štátov a ktorý mal niečo spoločné s operáciou Kancelárska spona, pri ktorej americká vláda vojnovým zločincom ponúkla bezpečie výmenou za ich vedomosti. Scullyová sa dozvedá, že jej sestra Melissa leží v kritickom stave v neďalekej nemocnici. Mulder Scullyovú presvedčí, aby do nemocnice nešla, lebo ľudia, ktorí ich chcú zadržať tam na nich určite budú čakať. Klemper je k agentom nezhovorčivý, história ho nudí, ako sám tvrdí, ale agentom prezradí aspoň to, že fotka bola vyfotografovaná na pozemku Strugholdovej banskej spoločnosti v Západnej Virgínii a taktiež spomenie Napierovu konštantu, základ všetkých prirodzených logaritmov.
Agenti prichádzajú na opustený pozemok spoločnosti. Vnútri obrovskej starej budovy nájdu hrubé dvere zasadené do skalnatej steny. Agenti na vstupnom paneli vyťukajú Napierovu konštantu a dvere sa otvoria. Vnútri nájdu zjavne nekonečný rad kartoték, v ktorých sa nachádzajú lekárske záznamy tisícok Američanov. Nájdu tam nielen Scullyovej zložku, ale i zložku patriacu Mulderovej sestre Samanthe. Pri zložkách je priložená i vzorka DNA. Náhle sa ozve dunenie a vypadne elektrická energia. Mulder vychádza von, kde uvidí nad budovou vznášať sa obrovské UFO. Súbežne s tým prichádza i ozbrojené komando. Muži uvidia Muldera a začnú naňho strieľať. Mulder vnútri skalnej krypty nájde Scullyovú a spolu nájdu tajný východ von.
Skinner zatiaľ prichádza do nemocnice, v ktorej hospitalizovali Melissu. Tam sa stretne so Scullyovej matkou a Albertom Hosteenom, ktorý sa sem prišiel za Melissu pomodliť. Scullyovej matka Skinnera upozorní sa neznámeho muža, ktorý neustále sleduje ich izbu. Skinner ho sleduje, no na schodisku sa naňho vyrútia spolu s ním i Krycek a Luis Cardinal. Traja muži Skinnera premôžu a vezmú mu počítačovú pásku.
Mulder a Scullyová opäť skúsia šťastie u Klempera, tam im však Fešák oznamuje, že Klemper je po smrti. Mulder Fešáka spozná ako jedného zo spolupracovníkov jeho otca. Fešák spomína na to, že v roku 1947 bola v Novom Mexiku objavená havarovaná mimozemská loď. Táto udalosť sa časovo zhodovala s dátumom vzniku operácie Kancelárska spona. Mulder si myslí, že Klemper sa snažil vytvoriť dokonalú rasu - rasu hybridov ľudí a mimozemšťanov. Záznamy uschované v skalnej krypte sú záznamy o vakcinácii miliónov Američanov, ktorých zaočkovali proti kiahňam a pritom im odobrali vzorku DNA. Sú tam teda záznamy prakticky každého Američana narodeného po roku 1950.
Krycek vycíti, že niečo nie je v poriadku a v poslednej chvíli sa mu s počítačovou páskou podarí opustiť auto, ktoré exploduje. Zatiaľ Muž s cigaretou informuje skupinu, že muž, ktorý mal zabiť Scullyovej sestru (Krycek) je po smrti a rovnako bola zničená i počítačová páska.
Skinner Mužovi s cigaretou pohrozí, že odhalí jeho prácu v tom prípade, ak sa Mulderovi a Scullyovej niečo stane. Tvrdí, že Albert Hosteen si prečítal čo bolo na počítačovej páske a v rámci ústnej tradície tieto informácie poskytol i ďalším príslušníkom indiánskeho kmeňa Navajo. Muž s cigaretou si však myslí, že Skinner iba blafuje.
Na záver Mulder navštívi Scullyovú pri Melissinom nemocničnom lôžku. Melissa umrela. Mulder sa Scullyovú snaží presvedčiť, že sa nesmie vzdávať, lebo iba tak môžu odhaliť vinníkov.