(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)

Perkey, Západná Virgínia, Výskumný ústav Hansenovej nemoci. Prichádza vojenský transportér plný vojakov. Vojaci prehľadajú celý ústav a na zadnú korbu transportéru vyvedú množstvo neznámych hybridných bytostí. Vezú ich do lesu neďaleko ústavu, kde ich postavia do radu na okraj veľkej diery v zemi a všetky ich postrieľajú.

Pán X Scullyovej povie, že implantát, ktorý si nechala vyňať zo svojej šije je odpoveďou na všetky otázky, ktoré ju trápia. Zatiaľ Mulder zo strechy vlaku zlezie dovnútra vlaku. Priblíži sa až k poslednému vozňu, ktorý ho zaujíma, no tento karanténny vozeň je uzamknutý. S pomocou sprievodcu sa Mulder vo vlaku vydá hľadať Dr. Shiro Zamu, ktorý mal viesť tajné nehumánne experimenty. No Zamu ešte predtým zavraždí Hrdzavovlasý muž, ktorý v predchádzajúcej epizóde zavraždil japonského diplomata.

S pomocou agenta Pendrella sa Scullyová dozvedá, že implantát zhromažďuje informácie a v podstate mapuje duševné procesy človeka. Na čipe Pendrell objaví meno výrobcu čipu. Ide o japonskú firmu, s ktorou je spojené meno Dr. Zamu z Výskumného ústavu Hansenovej nemoci vo Virgínii. Scullyová teda mieri do ústavu, kde sa stretáva so znetvoreným mužom Escalantem. Escalante jej vysvetlí, že ústav sa pôvodne zaoberal výskumom a liečbou lepry, no výskumníci spolu so Zamom odišli ešte predtým, ako sem dorazili vojaci, takzvané "oddiely smrti", ktorí povraždili všetkých pacientov, ktorých našli. V tábore sa nachádzalo množstvo pacientov, ktorí vraj trpeli Hansenovou nemocou a ktorých tu podrobovali krutým testom, pričom im všetkým spôsobili popáleniny na telách.

Zatiaľ Mulder na toalete nájde Zamovo mŕtve telo. Mulder následne karanténny vozeň nájde otvorený. Vstúpi dovnútra, no zozadu ho z ničoho nič napadne Hrdzavovlasý muž a snaží sa ho uškrtiť podobne ako uškrtil Zamu. S pomocou sprievodcu, ktorému Mulder dal svoju nenabitú zbraň sa Mulder vyslobodí zo smrtiacej slučky omotanej okolo jeho krku. Hrdzavovlasý muž tvrdí, že v karanténnom vozni je bomba, ktorú sem inštaloval Zama pre prípad, že by sa mu spolu s neznámou bytosťou uzamknutou vzadu vo vozni nepodarilo dostať do Kanady. Teraz, keď sprievodca dvere uzatvoril sa zrejme spustilo odpočítavanie a utiecť z uzamknutého vozňa sa im podarí iba tak, ak na paneli vyťukajú správny kód, ktorý však nepoznajú.

Scullyovú vo výskumnou ústave zatknú vojaci a predvedú ju pred Prvého starca, člena Syndikátu. Ten Scullyovej vysvetlí, ako sa briliantný vedec Zama, ktorého skutočné meno je Ishimaru po 2. svetovej vojne za pomoci vlády schoval na území Spojených štátov, aby tu pokračoval vo svojich experimentoch. No Ishimaru sa rozhodol držať výsledky svojich výskumov v tajnosti a nepodeliť sa s nimi spolu s vládou, ktorá mu tu zaistila azyl. Scullyová cez mobilný telefón Prvého starca zavolá na mobilný telefón Hrdzavovlasého muža a ten telefón podá Mulderovi. Scullyová verí, že tvor uzamknutý vzadu vo vozni nie je mimozemšťan, iba obeť experimentov. Je presvedčená, že Ishimaru na vlakovej trase uskutočňoval testy s radiáciou na ľuďoch chorých na lepru, na bezdomovcoch a ľuďoch, ktorí nikomu nechýbali a tak vznikli bytosti, z ktorých jedna je teraz vo vlaku s Mulderom. Ako dôkaz Mulderovi pripomenie ako sa prezident Spojených štátov nedávno verejne ospravedlnil za testy s radiáciou uskutočňované na nevinných ľuďoch od roku 1974. Testy však pokračovali ďalej. Scullyová taktiež tvrdí, ako si spomína na to, že práve do jedného takéhoto vozňu ju uniesli. A uniesli ju tam ľudia a nie mimozemšťania.

Mulder požiada sprievodcu, aby posledný vozeň vlaku, v ktorom uviazol spolu s Hrdzavovlasým mužom od vlaku odpojili na nejakom opustenom území, aby v prípade výbuchu neboli ohrozené životy iných ľudí. Stane sa tak. Mulder sa medzičasom Hrdzavovlasého muža pýta na tvora uzamknutého vo vozni s nimi. Mulder si myslí, že Ishimaru vyvinul ľudsko-mimozemského hybrida, ktorý je imúnny voči pozemským nemociam a bol by schopný prežiť atómový výbuch alebo užitie biologických zbraní. Išlo s vývoj novej rasy dokonalých bytostí.

Scullyová si opäť prezrie videopásku s pitvou mimozemšťana a zisťuje, že je na nej zachytený Ishimaru ako pomocou kódu otváral dvere do karanténneho vozňu. Volá Mulderovi a oznámi mu kód. Mulderovi sa pomocou kódu dvere podarí úspešne otvoriť, no nečakane zo zozadu napadne Hrdzavovlasý muž a utlčie ho až do bezvedomia. Našťastie prichádza Pán X, ktorý zastrelí Hrdzavovlasého muža a vynesie Muldera z vozňu tesne predtým, ako vozeň pri mohutnom výbuchu vyletí do vzduchu. Na záver sa k cenným poznámkam Dr. Ishimaru dostáva Muž s cigaretou.