Scullyová sa spoznáva so zvláštnym agentom Johnom Doggettom, ktorý šéfuje tímu, ktorý FBI poverila pátraním po nezvestnom Mulderovi. V týchto chvíľach strachu o holý život svojho kolegu ale predovšetkým priateľa Scullyová zhadzuje predsudky, ktoré ju trápili po celé roky jej práce na Aktoch X.
(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)
Počujeme rytmický tlkot srdca. Nasledujú rozmazané zábery zachytávajúce neznámeho muža. Nedokážeme ho identifikovať, jeho telo je sčasti ponorené do žltozelenej tekutiny (do podobnej, v akej sa "okúpala" Scullyová vo filme v Antarktíde). Okolie osvetľuje poslabšie svetlo. Muž sa vzpiera, ale jeho úsilie vzdorovať je márne. Je tam nedobrovoľne. Trpí. Telo sa začne posúvať smerom hore von z tekutiny. Vidíme obrysy mužského tela. Kamera sa posúva smerom k tvári. Muž teraz lapá po vzduchu a otvorí oči. Tenká organická rúrka mu je vytiahnutá z úst. Konečne vidíme, že je to Mulder. Strih na Scullyovú, ktorá takisto doširoka otvorí oči. Leží na posteli s hlavou položenou na vankúši. Nachádza sa v nemocničnej izbe. Je noc. Rýchlo sa posadí, ťažko sa jej dýcha. Bola to nočná mora, no zdá sa, akoby sa to, čo sa Scullyovej prisnilo skutočne stalo. Záber zblízka na Scullyovú osamote sediacu na nemocničnej posteli.
Neistá si tým ako ďalej Scullyová neskôr opúšťa nemocnicu. Vracia sa do práce, kde namiesto Muldera v jeho kancelárii nájde tím agentov, ktorí v nej "robia poriadok" a pritom tvrdia, že hľadajú stopy. Scullyová proti takému postupu začne ostro protestovať. Prichádza Skinner a povie jej, že on v tom prsty nemá, tiež sa o tom dozvedel len pred maľou chvíľou. Dozvedáme sa, že prehľadanie Mulderovej kancelárie nariadil Kersh (ktorý bol priamym nadriadeným Muldera a Scullyovej v prvej polovici šiestej série). Kersha z pozície námestníka povýšili na zástupcu riaditeľa FBI. Kersh si Scullyovú a Skinnera zavolá do svojej kancelárie. Tam sa dozvedajú, že FBI zoskupila skupinku agentov, ktorých úlohou bude pátrať po Mulderovi. Šéfovať im bude agent John Doggett. Scullyová okamžite razantne ale pritom správne namieta, že pátrať po Mulderovi by mali predovšetkým oni dvaja so Skinnerom. Kersh na to reaguje slovami, že to nie je možné, lebo Scullyová a Skinner sú v prípade Mulderovho zmiznutia svedkami a i možnými podozrivými. Oznámi im, že čoskoro budú mať vypovedať pred komisiou zloženou s agentov, ktorí budú pátrať po Mulderovi. Kersh im však obom zatvorí ústa tým, že im "poradí", aby do vyšetrovania neplietli žiadne reči o mimozemšťanoch alebo mimozemských únosoch, lebo ak tak urobia, Kersh ľahko zariadi, že prídu o svoju prácu v FBI.
Tak takto sa začína Scullyovej prvý deň v práci bez Muldera. Skinner Scullyovej neskôr medzi štyrmi očami sľubuje, že Muldera im nezapredá. Scullyová mu však tvrdí, že Mulderovi nepomôže, ak Skinner kvôli nemu obetuje svoju kariéru. Scullyová je pevne odhodlaná pokračovať tam, kde skončila s Mulderom, ale teraz si so Skinnerom musia dávať pozor na to, čo povedia agentom zodpovedným za pátranie po Mulderovi. Scullyová a Skinner teda následne odchádzajú vypovedať pred komisiou, ktorá sa ich bude pýtať na podrobnosti ohľadom Mulderovho zmiznutia. Keď neskôr Scullyová sedí vnútri v kancelárii, agent, ktorý sedel vedľa nej vstane a prinesie plastikový pohárik s vodou na pitie, ktorý ponúkne Scullyovej.
Tým agentom je samotný John Doggett. Scullyová ešte Doggetta po tvári nepozná, ale Doggett Scullyovú áno. Doggett najprv predstiera, že je iba obyčajný agent, ktorý sa do prípadu vyšetrovania Mulderovho zmiznutia zaplietol preto, lebo poznal Muldera. Rozprávajú sa o Mulderovi. Doggett hovorí, že Scullyová možno Muldera nepoznala tak dobre ako si myslela a Scullyová na to reaguje tak, že tvrdí, že ho poznala ako každý iný. Doggett sa to potom snaží zahovoriť tak, že tvrdí, že "tie chýry" sú nepravdivé. Scullyová sa pýta na to o aké chýry ide a on odpovedá, že ide o chýry o tom, že Mulder Scullyovej nikdy neveril, ktoré sa šíria po celej FBI. Snaží sa od nej dozvedieť čo možno najviac podrobností a preto sa jej "opatrne" opýta na jej teóriu o tom, čo sa stalo s Mulderom. V tejto chvíli Scullyová začne byť podozrievavá a uvedomuje si, že Doggett Muldera vôbec nepoznal. Scullyová sa načiahne a obráti Doggettovu legitimáciu na jeho saku, ktorú si Doggett obrátil naopak a prečíta si jeho meno. Pochopí, o koho ide. Povie Doggettovi, že by bolo jednoduchšie, keby sa jej predstavil hneď na začiatku ich rozhovoru a Doggett jej povie, že sa na to práve chystal, načo mu Scullyová do tváre chrstne pohár vody, ktorú jej priniesol, povie "Rada vás spoznávam," a odchádza preč.
Scullyová sa večer vracia domov. Po napätom rozhovore s Doggettom sa rozhodla zistiť si o ňom viac. Cez počítač si prezrie jeho osobný spis. Doggett je bývalý newyorský policajt, ktorý najprv po vyštudovaní univerzity v Syracuse pôsobil v hodnosti seržanta v armáde. Tam pôsobil šesť rokov a zranenie pri službe ho prinútilo armádu opustiť. Potom sa stal policajtom v New Yorku a pracoval tam ako detektív na oddelení pátrajúcom po trestancoch na úteku. Takže nie je žiadnym prekvapením, že po päťročnej práci v FBI ho práve Kersh postavil na čelo tímu, ktorý pátra po Mulderovi. Je to v istom slova zmysle skeptik, ktorý verí tomu, že všetko sa dá rozumne vysvetliť - len k tomu treba použiť dobrú pátraciu policajnú techniku, ktorú má vďaka svojej práci v New Yorku v malíčku. Scullyovej kvôli dieťaťu, ktoré v sebe nosí príde zle od žalúdku. To ju na chvíľu odtrhne od počítača. Scullyová sa následne rozhodne zatelefonovať svojej matke, ale nezastihne ju doma, ozve sa len záznamník. Scullyová svoj odkaz formuluje od srdca, chce sa s matkou stretnúť a porozprávať sa s ňou. Vtedy si Scullyová uvedomuje, že telefón jej niekto odpočúva. Myslí si, že odpočúvanie má na svedomí Doggett. Volá mu do FBI, no Doggett o odpočúvaní nič nevie. Následne si Scullyová všimne niekoho na chodbe. Pustí sa neznámeho muža naháňať po chodbe obytného domu, v ktorom býva. Nájde však iba správcu budovy, ktorý jej tvrdí, že na chodbe videl Muldera. Scullyová sa plná očakávania vracia do svojho bytu a zisťuje, že jej niekto vzal počítač, na ktorom pracovala. Neskôr Scullyová prichádza do Mulderovho opusteného bytu. Na neustlanej Mulderovej posteli si všimne Mulderovu pokrčenú košeľu. Zodvihne ju a košeľa v nej vyvolá spomienky na Muldera. Utrápená z udalostí posledného dňa zaspí v Mulderovej posteli. Následne uvidíme ďalšie experimenty uskutočňované na Mulderovi. Krutšie a bolestivejšie ako predtým.
Ráno sa Scullyová prebudí len aby zistila, že vo dverách do Mulderovej spáľne stojí Doggett a sleduje ju. Obaja chcú vedieť, čo tam ten druhý robí. Scullyová tvrdí, že prišla nakŕmiť Mulderove rybičky. Doggettovi hovorí, že ak už nie z ničoho iného tak aspoň z úcty k inému človeku by nemal bez uváženia zavrhovať to, čo ona tvrdí, že prežila. Doggettom to ani nehne. Tvrdí, že medzičasom zistil, že Mulder každý týždeň cestoval do Raleighu. Nevie prečo. Nevie to ani Scullyová. Scullyová a Doggett sa následne dozvedajú, že niekto použil Mulderove doklady k tomu, aby sa dostal do budovy Ústredia FBI. Obaja mieria do budovy FBI. Dozvedajú sa, že pravdepodobne Mulder ukradol niekoľko vyšetrovacích spisov. Agenti z pátracieho tímu sa Skinnera pýtajú na to prečo by to Mulder robil. Skinner odpovedá, že Mulderovi vždy išlo iba o pravdu. Scullyová si uvedomuje, že Mulder do Raleighu cestoval preto, lebo tam je pochovaná jeho matka. Doggett hovorí, že to je jedno z možných vysvetlení, ale existujú i ďalšie - a vzápätí do miestnosti prinesú náhrobok, ktorý údajne nechal zhotoviť Mulder a na ktorom sú mená celej rodiny Mulderovcov i s Mulderovým menom na konci. Rok úmrtia je 2000.
So zármutkom v očiach neskôr Scullyová hľadí na spoločný náhrobný kameň rodiny Mulderovcov - Mulderovho otca, jeho matky, jeho sestry Samanthy i samotného Muldera. Scullyová mlčí, akoby ani nedýchala. Okolo Scullyovej obídu agenti, ktorí odchádzajú domov. Kradmo sa na ňu pozrú, Scullyová sa však bez prestávky nemo pozerá na náhrobný kameň. Akoby ani nevedela, že sú tam. Doggett Scullyovej a Skinnerovi vzápätí prezradí, že našiel lekárske záznamy potvrdzujúce, že Mulder umieral. Tvrdí, že Mulder možno sfalšoval celý únos ako posledný pokus ako nájsť pravdu a potom ukradol Scullyovej počítač a teraz i zložky preto, lebo ich potrebuje k ďalšiemu "súkromnému vyšetrovaniu" na vlastnú päsť. Doggett sa Scullyovej pýta, či by bolo možné, že by Mulder umieral a nepovedal jej o tom, alebo či by dokázal sfalšovať svoj únos. Scullyová teóriu so sfalšovaným únosom okamžite zamieta, rovnako ako Skinner, ktorý verí tomu, čo videl.
Skinner Scullyovej povie, že o pomoc požiadal Osamelých strelcov a tým sa podarilo zmapovať UFO-aktivitu tesne po Mulderovom zmiznutí na juhozápade Štátov. Stopy prezrádzajú, že loď sa teraz nachádza niekde v Arizone. Scullyová spočiatku nerozumie, ale vzápätí pochopí, že to všetko dáva zmysel. Pýta sa, prečo ľudia neveria v mimozemšťanov. Frohike odpovedá, že preto, lebo neexistujú žiadne nevyvrátiteľné dôkazy. Scullyová predpokladá, že ak mimozemšťania existujú, možno sa zámerne postarajú o odstránenie stôp ešte predtým, než sa z nich stanú dôkazy. Vyzerá to tak, že UFO sleduje určitú konkrétnu trasu, pričom unáša konkrétnych ľudí a Scullyová sa bojí toho, že ďalším sa zozname môže byť Gibson Praise (malý chlapec, ktorý dokáže čítať ľudské myšlienky z epizód "The End" a "The Beginning"). Doggettovi zatiaľ niekto pod dvere kancelárie zasunie správu týkajúcu sa Gibsona, v ktorej sa píše o abnormálnej mozgovej aktivite, rovnako ako sa o abnormálnej mozgovej aktivite píše i v správe týkajúcej sa Mulderovho zdravotného stavu. Doggett si dá dve a dve dohromady a tiež sa na vlastnú päsť púšťa do pátrania po Gibsonovi.
Doggett na pátranie po Gibsonovi upriami pozornosť pátraciemu tímu, ktorému šéfuje. Tvrdí, že pravdepodobne zložky týkajúce sa Gibsona niekto ukradol z Ústredia FBI. Doggettovi záleží na prešetrení každej skutočnosti a preskúmaní každej stopy a preto spomenie i Mulderove poznámky o tom, že chlapec dokáže čítať ľudské myšlienky, na čo členovia pátracieho tímu reagujú so smiechom. Scullyová a Skinner sú už zatiaľ v arizonskej púšti. Nemajú sa čoho chytiť, musia si vystačiť so satelitnými snímkami mapujúcimi trasu mimozemského plavidla.
Doggettova skupina zisťuje, že Gibson naštevuje zapadnutú školu pre hluché deti v strede arizonskej púšte. Je tam preto, lebo medzi hluchými deťmi ho netrápia hlasy iných ľudí, ktorí nikdy nehovoria to, čo si skutočne myslia. O existencii školy, ktorá ani nie je na mape sa na benzínovej pumpe dozvedajú i Scullyová a Skinner. Doggett zatiaľ telefonicky požiada riaditeľa školy, aby Gibsona našiel a dal naňho pozor. Riaditeľ tak urobí, Gibson však vycíti, o čo ide a podarí sa mu utiecť z riaditeľovej kancelárie. Do školy takmer súbežne dorazia Scullyová/Skinner i Doggett. Všetci sa pustia hľadať Gibsona. Gibson zatiaľ pri úteku narazí na muža, ktorý ho chytí a začne ho ťahať preč. Po ich stopách v prachu sa vydáva Doggett a stopy sleduje až k útesu, na pokraji ktorého stojí Gibson a za ruku ho pevne drží Mulder. Doggett na Muldera vytiahne zbraň a nariadi mu, aby Gibsona okamžite pustil.
Pokračovanie nabudúce ...