(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)

Po mori sa plaví armádna loď. Kapitán lode prejde niekoľkými prísnymi bezpečnostnými opatreniami a pristúpi ku dverám, za ktorými sa nachádza tajné laboratórium, v ktorom doktor umelo oplodňuje ženské vajíčka. Kapitán doktorovi odovzdá obálku od námorníctva so zakódovaným odkazom vnútri a keď si ho doktor prečíta kapitánovi povie, aby loď obrátil. Kapitán odchádza na mostík a svojmu zástupcovi nakáže, že napriek tomu, že je to nebezpečné sa vracajú naspäť do prístavu.

V čističke vôd v Baltimore Follmer stojí nad vodnou nádržou, v ktorej Shannon ťahá Doggetta dolu ku dnu. Doggett sa nadýchne vody a stráca vedomie, avšak keď sú hlbšie Shannon pritisne svoje pery k Doggettovým a do pľúc mu vdýchne vzduch.

Nasledujúce ráno Reyesová a Skinner prichádzajú k Follmerovi do jeho pracovne. Reyesová váha, ale Skinner sa ju snaží presvedčiť, aby radšej spolupracovala. Reyesová pochopí, že so Skinnerom teraz nemajú na výber. Doggett zariadil vykonanie nepovolenej pitvy a vstúpil do areálu štátnej čističky vôd, čím vedome zneužil svoje postavenie. Reyesová, i keď chápe, že tieto obvinenia sú opodstatnené, sa k nim radšej teraz bez svojho kolegu vyjadrovať nechce, lebo Doggett je momentálne nezvestný. Cíti, že s Doggettom vedú riadne preverovanie FBI. Follmer tvrdí, že jej a Skinnerovi chce obom ponúknuť šancu ozrejmiť cirkus, ktorý zostáva po Doggettovi. Monica má na výber: buď zachráni Doggetta alebo svoju kariéru. Monica si vyberie to prvé.

Doggett sa s kašľom prebudí u seba doma vo svojej posteli. K posteli pristúpi Shannon. Predstaví sa mu a Doggett si na ňu spomenie. Spomenie si však aj na to, že ho držala pod vodou a topila ho. Shannon však urobila len to, čo musela, lebo ak by Doggetta chytili, došlo by k odhaleniu. Shannon tvrdí, že je produktom 50 rokov armádnej vedy, výsledkom existencie programu, o ktorom Doggettovi povedal jeho priateľ Knowle Rohrer. Je umelo vytvorenou bojovníčkou, nespí a dokáže dýchať pod vodou. Rovnako ako i Knowle. Doggett jej pripomenie, že Knowle je po smrti. Shannon mu povie, že ich zabiť nemožno. S Knowleom sú dvoma prvými geneticky vytvorenými dokonalými žoldniermi, no stoja proti sebe. Shannon sa programu vzoprela, lebo sa začal rozrastať spôsobom, akým o tom nikto nikdy nesníval. "Potrebujem tvoju pomoc, aby som ho zastavila, John," prosí Shannon Doggetta. Tvrdí, že nenávidí to, čím sa stala a s Doggettom musia odhaliť to, na čom pracovali tí dvaja muži, ktorých zabila. Robili niečo s vodou.

Loď z úvodu epizódy práve zakotvila v prístave v Baltimore. Kapitán loď opúšťa, i keď jeho zástupca mu pripomína, že pravidlá bezpečnosti mu to zakazujú. Kráča k telefónnej búdke v dokoch a volá do kancelárie Carla Wormusa, no nik to tam nezdvíha. Skinner medzičasom prichádza ku Scullyovej k nej domov. Potrebuje od nej vedieť, prečo ho najskôr s Mulderom požiadali, aby nechal Muldera zmiznúť a ona sa vzápätí sama pustila do vyšetrovania a teraz pomáha Doggettovi. Scullyová mu vysvetlí, že ide o Williama. Niečo sa stalo. Nedokáže mu to vysvetliť, ale William rozhodne nie je obyčajným dieťaťom a ona potrebuje odpovede. Skinner sa ju snaží presvedčiť, aby skontaktovala Muldera a povedala mu o tom, no Scullyová trvá na tom, že Mulder o tom nesmie vedieť, lebo vrátiť sa späť do FBI by preňho bolo príliš nebezpečné. Veď to práve preto urobil čo urobil.

Kapitán sa vracia naspäť na loď. Nájde tam Knowlea Rohrera, ktorý mu povie, že je jeho novým zástupcom.

Doggett a Reyesová skoro ráno Scullyovú telefonicky zavolajú do Doggettovho bytu. Nie sú tam len Doggett a Reyesová, ale i Shannon. Scullyová si sadne a Shannon jej začne vysvetľovať, že ako vedkyňu ju bude zaujímať, že do verejných zásob vody je odnedávna pridávaná nová chemikália známa ako "chloramín". Napadli to, čo väčšina ľudí berie za isté - vodu. Scullyová namieta, že chloramín je len náhradou fluóru. Dá sa piť a je neškodný, no ale Shannon je presvedčená, že molekulárnu štruktúru tohto prídavku do vody zmenili tak, že môže spôsobiť mutáciu plodu či ovlyvniť plodnosť či tehotenstvo. Cieľom je stvorenie novej generácie žoldnierov. Shannon trvá na tom, že sama je prototypom prvej generácie týchto bojovníkov, no generácií je už viac a experiment úspešne pokračuje ďalej, keďže sa im podarilo vytvoriť novú generáciu bojovníkov zo zmutovaných ľudských vajíčok. Scullyová jej nedôveruje, už počula primnoho konšpiračných teórií. Shannon jej však na dôvažok svojich slov odhalí svoj zátylok, na ktorom je zreteľne vidieť prečnievajúci chrbticový stavec.

Kapitán a Knowle zatiaľ na zazvonenie zvonca opúšťajú mostík a z paluby lode sledujú, ako potápači z mora vytiahnu mŕtve telo kapitánovho pôvodného zástupcu.

Doma u Doggetta Scullyová Shannon odborne lekársky prehliadne, no okrem hrbolčeku na jej krku nezistí nič podozrivého. Scullyová ani Reyesová Shannon neveria, no Doggett si je istý tým, že Shannon im povedala pravdu. Pevne verí, že Shannon je "kľúčom ku všetkému" - i k ich preverovaniu vedenia FBI. Doggettovi vzápätí volá Skinner a povie mu, že je v kaši. Doggett vtrhne do Kershovej pracovne, v ktorej mu Follmer oznámi, že ho za neuposlúchnutie rozkazu nechal suspendovať. Doggetta to napáli, lebo vie, že Follmer s Kershom vedia, že im je na stope a vraví, že vo vyšetrovaní bude pokračovať ďalej. Follmer mu povie, že paranoja k ich práci patrí a že Doggett začína pripomínať Muldera. Reyesová zatiaľ v kancelárii Aktov X kontroluje Shannonin spis. Zisťuje, že Shannon v skutočnosti pracuje pre Ministerstvo spravodlivosti. Do kancelárie vstúpia Osamelí strelci, ktorým odpojili pripojenie na Internet, avšak Strelci zistili, že Carlovi Wormusovi sa napriek tomu, že je po smrti niekto stále snaží dovolať. Je jasné, že musí ísť o niekoho, kto nevie, že umrel. Cez laptop zaznamenajú ďalší hovor na Wormusovo číslo. Napoja sa a Frohike sa vydáva za Wormusa. Volá mu kapitán lode, ktorý mu povie, že to musia povedať FBI. Loď je v prístave a musia odhaliť laboratórium na palube i to, čo sa v ňom deje, rovnako i ľudí, ktorí to dopustili. Kapitán však nevie o tom, že všetko čo povie si vypočuje i neďaleko stojaci Knowle Rohrer.

Reyesová prichádza za Follmerom do jeho pracovne. Požiada ho o pomoc a chce od neho všetky prístupné údaje o Shannon. Takisto ho prosí, aby Doggetta nechal na pokoji a neubližoval mu. Reyesová potom Scullyovej a Doggettovi oznámi, že videla Shannonine spisy a Shannon ich oklamala. Pracuje pre Ministerstvo spravodlivosti a ľudia, ktorých zabila boli informátormi, ktorí ju kontaktovali a snažili sa odhaliť tých, čo stoja za nakazením vody. Doggett tomu neverí, ale Scullyová si o Shannon chce zistiť viac. Reyesová si myslí, že Shannon sa snažila nájsť i tretieho informátora ... kapitána lode kotviacej v prístave a Doggetta teraz využíva k tomu, aby ju ku kapitánovi doviedol.

Kapitán lode zatiaľ doktora na lodi žiada, aby mu odovzdal počítačové disky obsahujúce údaje o experimentoch. Doggett, Reyesová a Scullyová si s ním na móle v Baltimore dohodnú stretnutie a uvidia nejakého muža, ktorý začne kráčať smerom k nim. Doggett rýchlo pochopí, že je to Knowle. Vytiahne svoju zbraň a Scullyovej a Reyesovej nakáže, aby ihneď utiekli a obe ho poslúchnu. Doggett niekoľkokrát Knowlea výstrelmi zo svojej zbrane zasiahne do hrude, no nezastaví ho. Knowle Doggetta schmatne a začne mu bolestivo stláčať hlavu. Vtom Knowleovi niekto zozadu utne jeho hlavu. Je to Shannon. Vraví, že Doggett jej neveril, ale opäť mu zachránila život. Pomôže mu vstať na nohy, ale hruďou jej odzadu prejde Knowleova ruka a obaja cez mólo spadnú do mora.

Agenti utekajú na palubu kapitánovej lode. Loď je opustená, nik na nej nie je. Vnútri nájdu len kapitánovo mŕtve telo i jeho utnutú hlavu. Rozdelia sa a Scullyová a Reyesová nájdu tajné laboratórium. Doggett zatiaľ zistí, prečo je loď opustená: je na nej odistená časovaná bomba. Na útek majú necelé dve minúty. Doggett začne hľadať svoje kolegyne. Tie sú zatiaľ v laboratóriu a Scullyová našla sklenené tuby so ženskými vajíčkami. Je ich tam hŕba a sú na nich mená a Scullyová hľadá svoje meno či meno svojho dieťaťa. Doggett k nej pribehne a nalieha, že ak chce svoje dieťa ešte niekedy uvidieť musia okamžite utiecť. "Zistíme to inak," sľubuje jej. Loď rýchlo opustia a jej zadná časť v mohutnej explózii vyletí do vzduchu.

O dva dni neskôr Doggett prichádza za Kershom. Odovzdá mu svoje hlásenie. Kersh sa ho pýta, či tam nájde aj svoje meno a pri čítaní správy sa len smeje. Je to o dokonalých žoldnieroch, laboratóriách a vládnej konšpirácii. Kersh sa Doggetta pýta, prečo v správe neuviedol i jeho (Kershovo) meno. Doggett mu povie, že naňho nič nenašiel, ale vie, že Kersh je v tom zapletený a že to práve on im na chodbu pred kanceláriu Aktov X hodil obálku obsahujúcu nekrológ Carla Wormusa. Potom na Kershov stôl vyloží svoj odznak. Kersh mu rozpovie príbeh o kráľovi Georgeovi III., ktorý si dňa 4. júla 1776 do svojho denníčku zapísal vetu "Dnes sa nič významné nestalo". Kersh pokračuje slovami, že to bol deň, kedy sa začala veľká revolúcia a nevedel o tom ani samotný kráľ a Doggett by na to mal pamätať. Kersh vraví, že Doggett mu možno neverí, ale veril mu Mulder. Tvrdí, že i jemu sa už vyhrážali a že to práve on Mulderovi povedal, že ak by zostal, zabili by ho. Doggett tomu neverí, že Mulder by odišiel len tak na podnet od Kersha. Kersh hovorí, že mu to len povedal, vôbec ho k tomu neprehováral a v tom momente Doggett pochopí, že to bola Scullyová, kto Muldera presvedčil, aby sa ukryl. Kersh mlčí. Doggett si zoberie späť svoj odznak a kanceláriu opúšťa. Vo výťahu sa zvezie s Follmerom. Follmer je rád, že Doggett zostáva pracovať na Aktoch X, hlavne teraz, keď ho Kersh má presne tam, kde ho chce mať. Tiež tvrdí, že je priateľom Aktov X a uškrnie sa, že je potešiteľné ich mať "tam dolu".

Potom na dne mora uvidíme ležať nehybné telo Shannon McMahonovej. Zrazu otvorí svoje oči. Svoje oči akoby v tom istom momente otvorila i Scullyová. Je u seba doma a práve spala na pohovke. Scullyová sa pozrie na Williama, ktorý nie a nie zaspať, uspí ho, vypne svetlo a sama si ľahne, aby si zdriemla. Zatvorí oči a my vidíme, že William svojou rukou ukáže na kolotoč nad svojou postieľkou. Nič sa nestane. Objavia sa titulky a začujeme vŕzgavý zvuk točiaceho sa kolotoča ...