(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)

Vidíme fotografiu mladého Muža s cigaretou a mladého Billa Muldera. Mulder nám v príhovore hovorí o "neviditeľnej vojne medzi tichým nepriateľom a spiacim obrom v miere, ktorá prevyšuje všetky historické konflikty". Nasleduje pohľad do minulosti. Je 13. október 1973 a my vidíme vnútro veľkého hangáru, v ktorom sa zišli členovia Syndikátu spolu so svojimi rodinami. Dvere hangáru sa otvoria a dovnútra vstúpia malí šedí mimozemšťania - kolonisti. Podídu k členom Syndikátu. Muž s cigaretou pred nich položí americkú vlajku.

Naspäť v Mulderovom byte Mulder mieri zbraňou na Cassandru, ale dvere sa rozletia a dovnútra vstúpi niekoľko mužov oblečených v ochranných oblekoch. Tvrdia, že sú z Centra kontroly chorôb. Prichádza aj Diana Fowleyová, ktorá tvrdí, že Mulder, Scullyová a Cassandra boli infikovaní neznámym vírusom. Vezmú ich na vojenskú základňu, kde sa podrobia dekontaminácii. Cassandru držia oddelenie od Muldera a Scullyovej. Fowleyová agentom povie, že jednotku zavolal agent Spender. Scullyová si myslí, že nikto z nich v skutočnosti nie je infikovaný a chce vidieť Cassandru. Prístup k nej jej však zamietnu a Scullyová má podozrenie, že Cassandru opäť uniesli, aby na nej pokračovali v testoch.

Krycek Mužovi s cigaretou povie, že si myslí, že muži bez tváre zaútočili preto, lebo chcú získať Cassandru a tak oddialiť príchod kolonistov na Zem. Muž s cigaretou členom Syndikátu navrhne, aby podnikli kroky k spusteniu kolonizácie. Je to posledná cesta, ako sa zachrániť a opäť uvidieť svoje rodiny, ktoré im pred rokmi kolonisti vzali ako záruku spolupráce.

Na základni Mulder nájde Maritu Covarrubiasovú. Tá pripúšťa, že ju podrobili testom a infikovali čiernym olejom, aby vyskúšali vakcínu. Mulder si uvedomuje, že členovia Syndikátu získali čas tým, že kolonistom sľúbili, že pre nich vytvoria hybridov, a popri práci na hybridizácii zároveň tajne pracovali na vytvorení vakcíny proti čiernemu oleju. Ak sa kolonisti dozvedia, že úspešný hybrid existuje, kolonizácia sa začne.

Spender a Fowleyová navštívia Cassandru. Spender chce svoju matku chrániť a preto ju nechal previezť sem, pričom však nevie, že Syndikát má základňu pod dozorom. Scullyová požiadala Osamelých strelcov, aby našli všetko o Diane Fowleyovej. Zistili, že pracovala v Európe pre FBI, ale nie sú prístupné žiadne záznamy o jej práci. Tiež navštevovala sieť MUFON, ktorá zhromažďuje informácie o unesených. Scullyová si myslí, že Fowleyová sieť sledovala pre potreby Syndikátu. Mulder však naďalej pred Scullyovou odmieta uveriť tomu, že Diana pracuje pre Muža s cigaretou. Sám má však isté pochybnosti a preto odchádza do Fowleyovej bytu. Keď mu nikto neotvára, Mulder si otvorí sám. Vnútri sa stretáva s Mužom s cigaretou. Mulder naňho namieri zbraňou a pýta sa ho na podrobnosti o kolonizácii. Muž s cigaretou mu povie, že Bill Mulder bol spočiatku proti spolupráci s kolonistami, ale neskôr aj on prišiel k rozumu a obetoval svoju dcéru Samanthu. Spolupráca bola schválená väčšinovým hlasovaním v roku 1973. Členovia Syndikátu sa dohodli, že budú spolupracovať s kolonistami a po splnení úlohy im kolonisti vrátia ich rodiny. Syndikát obratom získal vzorku s mimozemskou DNA a s jej pomocou začali s vývojom ľudsko-mimozemských hybridov. Bill Mulder chcel od začiatku vzorku použiť na vývoj vakcíny proti čiernemu oleju. Muž s cigaretou dá Mulderovi papier, na ktorom je adresa armádneho hangáru.

Zatiaľ Spender prichádza do budovy, v ktorej sa stretáva Syndikát. Nájde tam však len Kryceka, ktorý tvrdí, že všetci sa odišli pripraviť na obdržanie mimozemských génov, ktoré z nich urobia hybridov a kolonisti ich zachránia. Lekári Syndikátu už medzičasom Cassandru pripravujú na prevoz. Chvíľu sa s ňou rozpráva Muž s cigaretou. Je presvedčený, že jeho činy zachránili množstvo ľudí.

Mulder je stále v Dianinom byte, keď sa Diana vráti. Mulder jej povie, že tých, ktorých milujeme, niekedy zachránime len tak, že sa vzdáme. Fowleyová ho pobozká a objíme. Spender zatiaľ zisťuje, že jeho matka je preč. Stretne sa s Maritou, ktorá vie, kam ju odviezli. Žiada Spendera, aby jej pomohol utiecť zo základne. Lekár Syndikátu vstúpi do miestnosti, v ktorej je uschovaná pôvodná mimozemská vzorka. Dovnútra však vstúpi sestra, za ktorú sa maskuje jeden z rebelov, ktorý zabije lekára, vezme vzorku a nadobudne podobu lekára.

Mulder a Scullyová sa rozprávajú cez telefón. Mulder chce Scullyovú vziať do hangáru, ale ona sa práve dozvedela, kde nájdu Cassandru. Zdá sa, že oslobodením Cassandry majú poslednú šancu, ako celý proces zastaviť. Mulder teda pošle do hangáru Dianu Fowleyovú a ponáhľa sa za Scullyovou. Prichádzajú práve vo chvíli, keď sa vlak s Cassandrou rozbieha. Scullyová autom zablokuje koľajnice, ale vlak vrazí do auta, roztrhá ho a pokračuje ďalej. Neskôr Muž s cigaretou s Cassandrou prichádza do hangáru a vidí, že v hangáre chýba ešte zopár ľudí. Prvý starec mu povie, že zatiaľ čakajú s vyslaním signálu.

Jedným z tých, čo chýbajú, je aj Alex Krycek, ktorý je stále na vojenskej základni. Nájde mŕtveho lekára a zistí, že vzorka chýba. Stretáva sa so Spenderom a Maritou. Nemôžu sa dostať von, lebo stráž ich nepustí. Krycek im povie, že je po všetkom a rebeli vyhrajú. Do hangáru medzičasom prichádza Fowleyová. Otvoria sa dvere, ale členovia Syndikátu sú zmätení, pretože ešte nevyslali signál. Ukáže sa, že do hangáru neprichádzajú kolonisti, ale muži bez tváre. Obkľúčia členov Syndikátu s ich rodinami a všetkých ich zaživa upália - okrem Muža s cigaretou a Diany Fowleyovej, ktorým sa v aute podarí utiecť.

Kersh sa neskôr v FBI pozerá na fotografie mŕtvych tiel v hangáre. Spender hovorí, že úmrtiam mohol zabrániť. Aj Mulder a Scullyová, keby neboli suspendovaní. Spender priznáva svoj podiel viny a chce, aby Mulder a Scullyová nastúpili ihneď naspäť na Akty X na jeho miesto.

Neskôr Spender prichádza do kancelárie Aktov X vziať si svoje veci. Tam už naňho čaká jeho otec - Muž s cigaretou. Spender mu povie, že o ňom vie dosť na to, aby ho nenávidel. Muž s cigaretou vytiahne zbraň a z kancelárie je počuť výstrel a následne Muž s cigaretou pomaly kanceláriu opúšťa ...