Uprostred noci tmavým lesom beží mladá dievčina odetá len v nočnej košeli. Zakopne a padá dolu nízkym kopcom. Dievčina sa spamätá na malej čistinke a vidí, ako sa v lese zodvihne silný víchor. Okolie osvetlí jasné svetlo vyžarujúce spoza kopca a k dievčine pristúpi neznáma postava. Svetlo je čoraz jasnejšie a jasnejšie, až lesnú čistinku ožiari oslepujúca žiara. Nasleduje strih na nehybné telo dievčiny ležiace na čistinke. Je po smrti. Vonku už dávno svieti slnko a okolo stoja policajti a prišiel i súdny lekár. Podľa stavu tela sa nateraz nedá určiť, aká bola príčina smrti. Dievča má však vzadu na chrbte dve malé červené znamienka bližšie neurčeného pôvodu. Miestny detektív dievčinu identifikuje ako Karen Swensonovú. Chodila do školy s jeho synom. Detektív vstane a odchádza hore kopcom. "Takže ročník '89, detektív? Deje sa to opäť, že?" pýta sa ho súdny lekár, no nedostane odpoveď.

Doktorka medicíny, zvláštna agentka Dana Scullyová, ktorá už dva roky vyučuje na Akadémii FBI, sa má hlásiť u sekčného šéfa Scotta Blevinsa na Ústredí FBI vo Washingtone. Blevins ju stručne oboznámi s takzvanými "Aktami X", prípadmi, ktoré sa FBI napriek všetkej snahe nepodarilo objasniť. V súvislosti s tým Scullyová vie, že Akty X sa týkajú rozličných nevysvetlených úkazov. Blevins Scullyovú informuje, že ich objasňovaním sa náruživo zaoberá zvláštny agent Fox Mulder. Scullyová vie, že Mulder vyštudoval psychológiu na Oxforde a neskôr sa po vyštudovaní Akadémie FBI stal špičkovým odborníkom na oddelení násilných trestných činov. Napísal monografiu o sériových vrahoch a okultizme, a stal sa azda najlepším analytikom v oblasti násilného zločinu. "Na akadémii mal prezývku 'Strašidelný' Mulder," pousmeje sa Scullyová a zahľadí sa na neznámeho Muža s cigaretou, fajčiaceho cigaretu a opierajúceho sa o kartotéku za Blevinsom. Blevins Scullyovú informuje, že keď Mulder objavil Akty X, okamžite ho zaujala práca na neobjasnených prípadoch, na ktoré by FBI radšej zabudla. Scullyovej úlohou bude odteraz Mulderovi asistovať pri jeho práci na týchto prípadoch. Nadriadení od nej požadujú pravidelné hlásenia a poznámky týkajúce sa odôvodnenosti Mulderovej práce na tomto projekte. Scullyová tým nie je dvakrát nadšená a Blevinsa sa pýta, či má za úlohu dokázať, že projekt je neopodstatnený. Blevins zdôrazní, že od nej chcú, aby jednotlivé prípady, ktoré Mulder vyšetruje, podrobila dôslednej vedeckej analýze.

Scullyová teda schádza dolu do suterénu budovy Ústredia FBI, kde sa má stretnúť s Mulderom. Zaklope na dvere jeho kancelárie. "Ľutujem, ale len pre tých, o koho už FBI nejaví záujem," ozve sa zvnútra. Scullyová otvorí dvere a, hoci inak stoickej povahy, neskryje zvedavosť pri pohľade na interiér kancelárie Aktov X, s výstrižkami a fotkami z novín a časopisov pripnutými na stene. Práve táto kancelária je pre Muldera tým pravým miestom, kam si na stenu pripnúť plagát s textom 'Chcem uveriť' a s vyobrazeným UFO-m hore nad ním. Kartotéky s Aktami X sú predsa plné záznamov o prípadoch, v ktorých figurujú hlásenia o pozorovaní nadprirodzených javov a záhadných okolností. Mulder sedí za stolom, keďže si práve prezerá zopár diapozitívov, no po chvíľke sa už obráti ku Scullyovej. Scullyová sa mu predstaví a podajú si ruky. Mulder sa jej pýta, že koho "rozhorčila", že ju poslali sem k nemu. Hoci úsmev na jej tvári je skôr výnimkou ako pravidlom, Scullyová sa pousmeje a odpovedá, že sa na prácu s ním teší. "Veľa som o vás počula," pokračuje. "Skutočne? Ja som mal taký dojem, že vás sem poslali, aby ste ma špehovali," uštipačne ju slovne vyzve náruživý Mulder. Vie o nej, že vysokoškolskú diplomovú prácu robila z fyziky, ale dodáva, že pri jeho práci sa fyzikálne zákony uplatňujú len zriedkavo ... a obratom zapína premietačku a predstaví jej ich prvý prípad. V lese v okrese Oregon bolo nájdené mŕtve telo 21-ročnej ženy. Príčinu smrti sa nepodarilo zistiť. Pitva nič nepreukázala. V spodnej časti chrbta sa však nachádzajú dve neznáme červenkasté znamienka. "Dokážete ich identifikovať, doktorka Scullyová?" pýta sa Mulder. Scullyová pri pohľade na fotky zneistie. Nevie, čo presne by dané znamienka mohli znamenať. Nikdy nič takého nevidela. A to nie je všetko. Dve ďalšie mŕtvoly s rovnakými znamienkami boli nájdené v Južnej Dakote a v Texase. Scullyová síce nevie, čo bolo príčinou úmrtí týchto ľudí, je si však istá, že odpoveď existuje a treba ju hľadať v oblasti vedy. "A práve preto tu máme FBI," reaguje Mulder, ktorý má vždy sarkastickú poznámku poruke.

Mulder a Scullyová teda mieria do okresu Bellefleur v Oregone, aby objasnili smrť stredoškoláčky Karen Swensonovej, ktorej 'označkované' telo bolo nájdené v miestnom lese. Scullyová si už v lietadle pozorne preštudovala vyšetrovaciu zložku k prípadu. Dozvedá sa, že FBI už prípad vyšetrovala, no nepodarilo sa ho objasniť, preto bol zaradený medzi Akty X, kde ho objavil Mulder. To práve na základe Mulderovho naliehania agenti získali povolenie exhumovať telo Kareninho mŕtveho spolužiaka Raya Soamesa, ktorý bol tretím miestnym stredoškolákom, ktorý umrel za neobjasnených okolností. Scullyová si prečítala i pitevné správy. V prvých troch správach sa o neidentifikovaných znamienkach vôbec nič nepíše, píše sa o nich až v poslednej správe, ktorú vypracoval iný súdny lekár. To vrhá tieň podozrenia na súdneho lekára, ktorý vypracoval prvé tri správy -- na istého Dr. Nemmana. "Veľmi dobre, Scullyová," pochváli Scullyovú Mulder. "Lepšie, než ste čakali, či lepšie, než ste dúfali?" znie Scullyovej odzbrojujúca otázka. Agenti práve sedia v aute a sú na ceste k cintorínu, keď vtom autorádio začne zachytávať rôzne frekvencie naraz a začne z neho znieť len statický prenikavý tón. Mulder sa zahľadí smerom hore na oblohu, zastaví pri krajnici, vystúpi z auta a kráča ku kufru auta. Scullyová vystúpi tiež a nechápavo hľadí na svojho kolegu, ktorý mlčky z kufra auta vytiahne plechovku so sprejom a na asfaltovú cestu nasprejuje veľké červené "X"-ko. "Prečo ste to urobili?" pýta sa Muldera Scullyová. "Ach, veď viete ... len tak," tajomne odpovedá Mulder, schová plechovku a nastúpi späť do auta.

Vzápätí agenti prichádzajú na cintorín, kde sa spoznávajú s Johnom Truittom zo súdnej pitevne. Prichádza i krajský súdny lekár Jay Nemman a je rozhorčený postupom FBI a exhumáciou tela Raya Soamesa. Exhumácii sa mu už však nepodarí zabrániť. Príčinou Soamesovej smrti bolo podchladenie. Mulder netuší, ako len mohol chlapec počas teplej letnej noci v lese počas siedmich hodín umrieť na podchladenie. Zdesenie však nasleduje až vo chvíli, keď v rakve nachádzajú zoschnuté šedé telo malej postavy. Na človeka to rozhodne nevyzerá, s dlhými ramenami a úzkym trupom. "Povedal by som, že do basketbalového mužstva to Ray Soames nedotiahol," konštatuje trochu zdesený Mulder.

Scullyová pri neskoršej ohliadke tela zisťuje, že rozhodne nejde o človeka. "Ak to nie je človek, tak čo to je?" pýta sa Mulder, zatiaľ, čo v ruke drží fotoaparát a fotografuje neznáme telo. Scullyová tvrdí, že ide o telo šimpanza či orangutána. "Pochované do hrobu Raya Soamesa na mestskom cintoríne? Skúste to povedať ľuďom v meste či jeho rodine," vyzve ju Mulder. Chce odobrať vzorky tkaniva, zistiť krvnú skupinu, urobiť röntgenové snímky, urobiť toxikologický rozbor a tak nazhromaždiť dôkazy. "Predsa vážne neveríte, že je to nejaký mimozemšťan," podpichne Muldera Scullyová. Mulder ju uistí, že o tom sám pochybuje, ale chce si byť istý. Mulderovo podozrenie sa ukáže ako opodstatnené potom, ako röntgenové snímky odhalia prítomnosť neznámeho metalického objektu implantovaného do nosnej dutiny tela z hrobu.

Agenti si na druhý deň zistia viac o Rayovi Soamesovi. Liečili ho na schizofréniu v miestnej psychiatrickej liečebni. A nebol jediný. V liečebni hospitalizovali aj jeho spolužiakov Billyho Milesa a Peggy O'Dellovú. Liečia ich už celé štyri roky. Billy sa nachádza v komatickom stave, jeho telo si totiž trvale zachováva len vegetatívne funkcie. On i Peggy prežili ťažkú dopravnú nehodu na diaľnici. Peggy je pripútaná na invalidný vozíček. Návšteva agentov ju veľmi rozruší a Mulder si na jej chrbte v snahe ukľudniť ju povšimne rovnaké znamienka, aké mala na tele mŕtva Karen. Scullyová je šokovaná. Pýta sa Muldera, ako vedel, že Peggy bude mať tie znamienka tiež. "Žeby som to vytušil?" reaguje Mulder. Scullyová má dosť tajností a od Muldera chce vedieť, čo všetko o tých znameniach vie. "Prečo? Aby ste to mohli poznamenať do vašej správičky?" pýta sa jej Mulder. Scullyová zdôrazní, že chce rozriešiť prípad a odhaliť pravdu. Mulder je povie, že si myslí, že študentov uniesli. "Kto ich uniesol?" pýta sa Scullyová. "Skôr čo," poopraví ju Mulder. Scullyová sa pousmeje. O lietajúcich tanieroch nechce ani počuť a čuduje sa, že Mulder niečomu takému verí. Správne uvažuje, že ak všetci študenti zomreli v lese, mali by ich najbližšie kroky viesť práve tam.

V lese Mulder zisťuje, že tam nefunguje kompas -- ručička sa neustále točí dookola. Agentov na mieste prekvapí miestny detektív, ktorý im nariadi, aby les opustili, lebo ide o súkromný pozemok. Scullyová na zemi v lese našla akýsi šedý prach vzhľadom pripomínajúci popol. Agenti nevedia, čo tam detektív v noci hľadal, no je im jasné, že miestni ľudia niečo taja. Cestou do mesta okolie cesty i ich auto ožiari jasné biele svetlo, pričom autu prestane fungovať motor. Mulder sa pozrie na svoje hodinky a uvedomuje si, že za krátky časový okamih trvajúci zdanlivo pár sekúnd stratili celých deväť minút. Vystúpi z auta a pri pohľade na cestu vidí, že ide o rovnaké miesto, na ktoré deň predtým nasprejoval veľké červené "X"-ko. Strašidelné. Scullyová nechápe, čo sa to tu deje, ale Mulder jej objasňuje, že ľudia, ktorí videli UFO, hovoria o záhadnej časovej strate. "Ale no tak," preruší Muldera vystrašená Scullyová. "Čas nemôže len tak zmiznúť. Je to všeobecná konštanta!" uisťuje Scullyová svojho kolegu. "Tu to neplatí," zakončí Mulder.

Agenti odchádzajú do motelu. Scullyová je zdesená pohľadom na svoj chrbát v zrkadle. Má na ňom neznáme červené bodky. Odchádza za Mulderom do jeho izby a vystrašená sa ho pýta na jeho názor. Mulder ju prezrie a tvrdí, že sú to len štípance od komárov. "Určite?" pýta sa neistá Scullyová. Mulder ju uisťuje, že áno, na čo si Scullyová vydýchne a objíme Muldera. "Čo je ti? Celá sa trasieš," pýta sa Mulder, na čo si Scullyová sadne, aby si vydýchla.

Scullyová neskôr leží na posteli a Mulder sedí na podlahe a Scullyovej rozpovie o tom, ako prišiel o svoju osemročnú sestru Samanthu. Mal vtedy 12 rokov, keď jeho sestra jednoducho zmizla zo svojej postele. Odvtedy ju nevidel. Mulder medzitým dospel, vyštudoval na Oxforde, dostal sa k FBI, zaskvel na oddelení násilných trestných činov, získal istú slobodu a začal sledovať vlastné záujmy. Tak narazil na Akty X a tie ho začali fascinovať. Preštudoval stovky prípadov, prečítal, čo mohol, až narazil na oficiálne vládne informácie, ku ktorým mu niekto na vyššej úrovni moci znemožnil prístup. Vo svojej práci teraz môže pokračovať len vďaka tomu, že má známosti v Kongrese. "Ale čoho sa boja? Úniku informácií?" pýta sa Scullyová. "Ty patríš k nim, to predsa vieš," vraví Mulder. Scullyová ho uisťuje, že k nikomu nepatrí a tú záhadu chce vyriešiť rovnako ako on. Mulder jej dôveruje a prezradí jej, že pri svojom výskume úzko spolupracoval s Dr. Heitzom Werberom, ktorý ho pred časom uviedol do stavu hlbokej regresnej hypnózy. Vďaka nej bol Mulder schopný vrátiť sa v spomienkach naspäť do noci, kedy zmizla jeho sestra. Spomenul si na jasnú žiaru a ... že v izbe niečo bolo. Sám bol paralyzovaný, bezbranný a nedokázal únosu svojej sestry zabrániť. "Vláda o tom vie. A ja musím zistiť, prečo to taja. Na ničom inom mi nezáleží," zakončí Mulder. Zazvoní telefón, Mulder zodvihne a dozvedá sa, že zomrela Peggy O'Dellová, dievča na invalidnom vozíčku.

Agenti sa vzápätí dozvedajú, že Peggy zrazilo auto, keď chcela prebehnúť cez cestu. Naviac z laboratória zmizli pitevné vzorky i telo z hrobu Raya Soamesa. Keď sa Mulder a Scullyová vracajú do motelu, nájdu ho v plameňoch. Ich izby sú zničené, zhromaždené dôkazy sú nenávratne preč. Z davu prizerajúcich sa ľudí k nim pristúpi mladé dievča. Ukáže sa, že je to Theresa Nemmanová, dcéra krajského súdneho lekára. Prezradí im, že nevie ako, ale občas sa z ničoho nič preberie v lese. Jej otec o tom vie, no nevie, ako tomu zabrániť. Mulder háda správne, že i ona má na chrbte tajomné znamienka. Theresa si je istá, že teraz je na rade ona. Z nosa jej začne tiecť krv práve vo chvíli, keď prichádza jej otec spolu s detektívom z lesa, ktorým sa ukáže byť otec Billyho Milesa.

Mulder a Scullyová rýchlo pochopia, že miestni kompetentní vedia, kto je za všetky tie vraždy zodpovedný. Mulder sa zamýšľa nad tým, čo asi bude v tých ďalších dvoch hroboch. Obaja agenti mieria na cintorín, hroby však nachádzajú prázdne. Mulder si vtedy niečo uvedomí. Už vie, kto zabil Karen Swensonovú. "Kto? Ten detektív?" pýta sa Scullyová. "Detektívov syn. Billy Miles," oznámi prekvapenej Scullyovej Mulder. Peggy O'Dellová zomrela v rovnakom čase, kedy agentom na ceste prestal fungovať motor auta. Počas tých stratených deviatich minút sa niečo stalo, je si istý Mulder. Miestni stredoškoláci majú tie znamienka azda preto, lebo na nich vykonávajú nejaký test, a následná genetická mutácia by vysvetľovala stav tela, ktoré vykopali z hrobu. Scullyová pochopí, že neznáma sila, ktorá má nad miestnymi stredoškolákmi moc, dnes v noci do lesa zavolá Theresu Nemmanovú.

Scullyová v nemocnici zisťuje, že Billy, ktorý vraj v nemocnici leží v kóme už celé štyri roky, má na nohách rovnaký šedý prach, aký našla v lese. Tým sa potvrdilo Mulderovo podozrenie. O pôvodnú vzorku však agenti prišli pri požiari v moteli a Scullyová musí napísať svoju správu a tú musí niečím podložiť, preto sa obaja ponáhľajú do lesa po ďalšiu vzorku. V lese Mulder a Scullyová nachádzajú detektíva Milesa, Billyho i Theresu. Theresa je v bezvedomí a Billy, ktorý ju nesie, sa zdá byť v tranze. Objaví sa oslepujúce biele svetlo. Keď sa pominie, Theresa sa preberie z bezvedomia a Billy z tranzu, v ktorom sa nachádzal. Zmizli mu bodky z chrbta. Už opäť môže chodiť a po štyroch rokoch znovu prehovorí ku svojmu otcovi.

22. marca 1992. Dr. Werber v Ústredí FBI Billyho Milesa podrobí hypnóze. V nej Billy vypovedá o tom, ako sa pred rokmi v lese po prvýkrát objavilo neznáme jasné svetlo. Odnieslo ho so sebou do nejakého laboratória. Vie, že mu do hlavy umiestnili nejaké teliesko -- implantát. Svetlo mu následne nakázalo, aby priviedol ostatných. Test sa však nepodaril. Blevins si následne preštuduje Scullyovej správu. Scullyová si je vedomá toho, že to, o čom sa v správe píše, nemá čím podložiť a chýbajú dôkazy. Nadriadení od nej chcú niečo, čím by mohla podložiť svoje tvrdenia a čím by mohla opodstatniť vyšetrovanie Aktov X. Scullyová im predloží jediný dôkaz, ktorý mala po celý čas vo vrecku a preto ako jediný nebol zničený: malý metalický implantát vyňatý z nosa tela, ktoré vykopali z hrobu. Laboratórne testy preukázali, že je vyrobený z materiálu, ktorý sa nedá identifikovať. "A čo Mulder? Čo si o tom myslí?" pýta sa Blevins. "Agent Mulder je presvedčený, že tu nie sme sami," znie Scullyovej odpoveď. Hoci Scullyová nevidela toľko, čo Mulder, videla dosť na to, aby sa rozhodla pokračovať v práci na Aktoch X.

Na záver uvidíme tajomného Muža s cigaretou, ako do obrovského podzemného archívu v Pentagóne ukladá spomínaný implantát. Uloží ho do krabice, v ktorej sa nachádzajú ďalšie podobné implantáty. A okolo sú podobných krabíc celé stovky...