Podzemná stanica metra v Bostone v Massachusetts. Policajt v prestrojení tu sleduje podozrivého. Podá hlásenie do skrytého mikrofónu a vzápätí prichádza metro. Obaja nastúpia dovnútra. Muž sa priblíži k policajtovi bez toho, aby o tom policajt vedel. Metro zrazu stratí rýchlosť a oboch mužov to zrazí k zemi. Policajtovi vyletí jeho zbraň z rúk. Policajt sa snaží dostať ku svojej zbrani, no muž sa k nemu dostane skôr. Kamera nám ukáže zadnú časť metra v momente, keď počujeme policajtov výkrik. Neskôr do metra nastúpia ďalší pasažieri. Na podlahe nájdu ležať mŕtve policajtovo telo, pričom mu niečo vyžralo pokožku na jeho tvári.

Prípad prichádzajú prešetriť Scullyová a Doggett. Stretnú sa so šéfom dopravnej polície Karrasom a poručíkom Biancom. Šéf polície im povie, že dolu na nich už čaká ich tím. Scullyová sa ospravedlňuje, že s Doggettom prišli neskoro, ale Scullyová musela na poslednú chvíľu vykonať ohliadku tela. Od agentov sa žiada, aby čo najrýchlejšie pomohli prísť celej záhade na koreň, pretože už od skorého rána je kvôli nevysvetlenému úmriu uzatvorená hlavná stanica metra a pracovníci správy metra sú pod tlakom novinárov a cestujúcich, ktorí kvôli nim budú meškať do práce. Pod podobným tlakom je i starosta a ten teraz tlačí na správu metra, aby čo najrýchlejšie stanicu znovu uviedli do prevádzky, pretože neskôr popoludní si už nebudú môcť dovoliť nechať stanicu vyradenú z obehu. Scullyová šéfovi Karrasovi povie, že pokým neprídu na to, čo sa na stanici skoro ráno stalo, stanicu znovuotvoriť nemôžu. Poručíkovi Biancovi sa fakty prídu zdajú byť jasné. Metro na malú chvíľu stratilo dodávku elektrickej energie, čo využil páchateľ k tomu, aby zabil policajta, ktorý ho sledoval a potom ušiel. Zabíjal zrejme nejakou kyselinou. Scullyová to potvrdiť nemôže, lebo testy na obeti ešte nie sú kompletné a nepodarilo sa zistiť, čo muža zabilo. Agenti sa dozvedajú, že ľudia z Centra kontroly nákazlivých chorôb v noci v tuneli nenašli žiadne stopy po biologických ani chemických jedoch, na základe čoho si správa metra stojí za svojích krycím príbehom, že hľadajú človeka a nie patogén a preto môžu metro večer uviesť do prevádzky. Karras agentom predstaví konštruktéra Stevena Melnicka, ktorý bol zodpovedný za stavbu celého tunelu a preto sa v ňom vyzná a Dr. Lyleovú z Centra kontroly nákazlivých chorôb. Scullyová má mnoho skúseností s podobnými prípadmi, napriek tomu Melnick spytuje jej motívy. Lyleová sa Doggetta pýta v čom je on odborníkom. "Viem strieľať," odpovedá Doggett. Všetci si na seba dajú ochranné vesty. Scullyová - asi kvôli dieťaťu - Doggettovi povie, že mu bude nápomocnejšia zhora z riadiaceho centra a bude jeho očami a ušami, keďže Doggett bude mať na sebe pripnutú malú kameru a medzi sebou budú komunikovať vysielačkami. Doggett súhlasí, aby do tunelu šiel bez nej.

Štvorica teda zostúpi dolu. Dr. Lyleová šliapne do neznámej substancie. V tme substancia svetielkuje zelenou farbou. Melnick vzápätí začne kričať, "aby to z neho dali dolu". Pozrú mu na krk, kde má popálenú pokožku. Postarajú sa mu o ranu a Doggett sa ho pýta, či je možné, že do tunelov niečo zateká. Melnick hovorí, že je to možné. Lyleová si spomenie na substanciu, do ktorej šliapla a odoberie z nej vzorku. Scullyová na základe Lyleovej testov skompletizuje analýzu. Zdá sa, že ide o obyčajnú morskú vodu, Scullyová však vzorky pošle na podrobnejšiu analýzu. Skupinka uvidí niekoho v tuneli pred sebou a pustia sa za ním. Dostanú sa až k tunelu, ktorý je už roky odstavený mimo prevádzky. Je možné, že osoba, ktorú naháňajú sa ukryla práve tam. Lyleová skríkne na Doggetta, aby dával pozor. Do Doggetta niekto silno vrazí a zrazí ho na zem. Doggett vstane a vidí, že útočník teraz leží vedľa neho na zemi. Je mŕtvy a má nepekne spálenú pokožku. Bianco je pripravený odísť, lebo sa zdá, že našli muža, ktorého hľadali. Melnick hlbšie v tuneli nájde v plastikových vreciach zabalené tri ďalšie spálené ľudské telá. Scullyová Doggettovi povie, že to vyzerá na prepuknutie nejakej infekcie. Lyleová si v tuneli všimne ďalšiu postavu, no postava im utečie. Scullyová trvá na tom, že ak je v tuneli niekto ďalší, musia ho kvôli nebezpečenstvu prenosu infekcie nájsť. Karras so Scullyovou nesúhlasí a povie, že o transport mŕtvych tiel sa postará sám, no metro večer jednoznačne musia uviesť do prevádzky. Scullyová trvá na tom, že hrozí obrovské riziko nákazy, no Karras od nej chce bližšie informácie o nákaze, ktoré zatiaľ Scullyová nemá. Zatiaľ našli len morskú vodu, čo nič nedokazuje. Doggett je na Scullyovej strane a chce počuť jej názor na to, ako majú postupovať ďalej. Scullyová trvá na tom, aby telá nechali tak a hľadali živých, ktorí môžu byť nositeľmi nákazy. Melnick je nervózny a vyzerá stále horšie a horšie. Stále sa škriabe na spálenom mieste na svojom krku a vidíme, že časť jeho tela teraz žiari nazeleno. Okolím sa opäť ozvú Melnickove výkriky a tentoraz mu niečo napadlo jeho celé rameno. Melnick sa začne triasť akoby od slabého elektrického výboju. Doggett sa Scullyovej pýta ako ďalej. Scullyová mu bleskovo odpovie, aby ho obliali čistou vodou. Skupinka tak urobí a Melnicka tak zachránia, i keď má spálenú jednu celú časť ramena. Scullyová si myslí, že toxín agresívne napadá ľudskú pokožku a možno ide o biologickú zbraň. Melnick nemá síl na to, aby pokračoval ďalej. Lyleová sa oňho postará až do príchodu záchranného tímu a rozhodnú sa ďalej nepokračovať. Doggett súhlasí, aby ďalej šiel len s Biancom, ktorý si medzičasom všimol, že i jeho ruka v tme svetielkuje nazeleno.

Záchranný tím pomôže Melnickovi a Lyleovej. Scullyová zastaví mužov odetých v biokaranténnych odevoch, ktorí z tunelu vynášajú mŕtve telá. Povie im, že telá musia urgentne poslať Centru kontroly nákazlivých chorôb. Karras tvrdí, že na to nemajú čas, no Scullyová neustúpi, lebo si myslí, že Karras o telách vedel a chcel celý problém udržať v tajnosti. Doggett si zatiaľ všimne Biancovu nazeleno svetielkujúcu pokožku. Bianco Doggettovi povie, že sa to už prenieslo i na neho a je neskoro, aby sa toho zbavili. Doggett trvá na tom, že to je o dôvod naviac, aby pokračovali v hľadaní. Bianco však nesúhlasí a chce čo najrýchlejšie kvôli bezpečnosti tunel opustiť. Doggett je preto naňho nútený vytiahnuť svoju zbraň. Bianco svoju zbraň pred Doggettom zloží, no vzápätí Doggetta napadne a Doggett padá na zem. V riadiacom centre zatiaľ Scullyová podíde k monitoru, ktorý ukazuje len strop tunelu, keďže Doggett leží na zemi. Scullyová nevie, čo sa deje a kričí na Doggetta, ten sa však neozýva. Do miestnosti práve vstúpila morská biologička, ktorá analyzovala vzorky morskej vody, ktoré dostala. Na monitore počítača Scullyovej ukáže, čo našla. Pri bližšej ohliadke zistila, že vo vode sa nachádzajú mikroskopické medúzy, ktorých v mori žije niekoľko druhov.

Bianco zatiaľ pribehne k zablokovanej časti tunelu a začne kričať na tých vonku, aby ho pustili von. My zatiaľ vidíme, že Doggett má zelenú tvár. Scullyová krikom do mikrofónu Doggetta prebudí. Ten jej povie, že Bianco je infikovaný a Doggett zisťuje, že infikovaný je i on sám. Scullyová má obavy a do tunelu chce poslať karanténny tím, no Doggett ju zastaví. Tvrdí, že najskôr musí nájsť Bianca, aby zamedzili rozšíreniu infekcie na ďalších ľudí. Doggett nájde Bianca ležať na podlahe tunelu. Bianco je na tom dosť zle. Scullyová po Bianca pošle niekoho v biokaranténnom odeve, od Doggetta však chce, aby sa od neho držal čo najďalej. Bianco Doggetta prosí, aby ho tam nenechával samého. Doggett zostane s Biancom a spolu mieria k východu. Z jedného tunelu vyjde malý chlapec a Scullyová si všimne, že chlapcovi nič nie je. Scullyová si v tom momente uvedomuje spojenie medzi medúzou a ľudským potom. Medúza vydáva slabé elektrické impulzy, ktoré sa vedú potom a výsledkom je spálená pokožka. Umreli zatiaľ iba ľudia, ktorí spanikárili a začali sa potiť. Chlapec uteká preč a od Doggetta chce, aby bežal s ním. Doggett tak urobí a spolu pribehnú k oblasti tunelu, kde dovnútra preteká morská voda. Toto musí byť miesto, odkiaľ sa nákaza šíri ďalej. Nazeleno tu svetielkujú všetky steny a podlaha. Chlapec pokračuje v ceste ďalej a Scullyová si uvedomuje, že chlapec Doggetta vedie do hlavného tunelu. Scullyová takto zisťuje, kde presne sa Doggett nachádza a k východu privolá biokaranténny tím. Doggett sa vráti po Bianca. Spolu mieria k východu z hlavného tunelu. Karras medzičasom povolil sprevádzkovanie hlavnej stanice. Situácia sa vyhrotí potom, ako Doggett zisťuje, že prichádzajúce metro z hlavnej stanice bude musieť prejsť cez časť tunelu, do ktorej preteká morská voda a je plná medúz. Scullyová na Doggetta kričí, aby okamžite zišiel z koľajníc, Doggett však vie, aké obrovské riziko hrozí ľuďom vnútri v metre. Zdá sa, že Doggett musí metro za každú cenu zastaviť. Vtom dostane nápad. Schmatne Biancovu guľovnicu a pribehne k zaplavenej oblasti. Guľovnicu namočí do vody. Keď sa metro priblíži na dosah, Doggett guľovnicou spôsobí elektrický skrat, čím sa vodou s medúzami preženie vysoké napätie, ktoré medúzy zabije.

Doggett neskôr v nemocnici kričí na sestričku. Keď sa mu tá neozýva, vstane a podíde ku dverám. Tie sa zrazu otvoria a stojí v nich Scullyová. Tá mu nakáže, aby si rýchlo ľahol naspäť do postele. Povie mu, že alkoholom sa im uspešne podarilo zbaviť jeho pokožku zvyšných medúz a Doggett teda bude v poriadku. O Melnicka a Bianca sa museli postarať plastickí chirurgovia. Doggett jej povie, že Karras aspoň zaplatí za to, že ich všetkých vystavil nebezpečenstvu ohrozenia života. Scullyová mu povie, že tomu tak nebude, lebo elektickým skratom sa mu podarilo medúzy zabiť a tým pádom nemajú žiadne dôkazy o pôvode infekcie. Mŕtve telá, ktoré našli boli oficiálne napadnuté neznámym patogénom a nikto nemá záujem na tom, aby sa tento patogén bližšie identifikoval. Karras si len robil svoju prácu, ktorou bolo dodržanie cestovného poriadku. Scullyová Doggettovi poďakuje na zachránenie životov viacerých infikovaných ľudí, no Doggett tvrdí, že to všetko v podstate vyriešila Scullyová a Doggett bol len jej očami a ušami. "Poďme domov," povie Scullyová, obráti sa a opúšťa Doggettovu izbu.