Epizóda sa začína Mulderovým príhovorom. Počas príhovoru vidíme pútavé obrázky zachytávajúce zrod človeka od počatia až po rast ľudského plodu vnútri v maternici. "Počatiu hovoríme zázrak života. Ide o spojenie dokonalých protikladov ... vtedy keď sa podstata mení na bytie. Akt bez ktorého by ľudstvo neexistovalo či vymrelo. Alebo čoskoro pôjde len o clivú spomienku na minulosť, keď o tom všetkom začnú rozhodovať moderná veda a technický pokrok? Zázrak života sa potom odtelesní a dokonalé spojenie bude podmienené už len vyspelosťou našej vedy. Podobne ako náš Stvoriteľ sme sa naučili extrahovať, implantovať i oplodňovať, ba i klonovať a zdá sa, že pokrok dokáže zázrak obmedziť len na obyčajnú samozrejmosť. Sme svedkami okamihu, kedy sa z nás stávajú stvoritelia? A čo duša? Dá sa i tá nahradiť? Nájdeme ju v tom, čomu hovoríme DNA? Alebo ju navzdory nášmu úsiliu dokáže darovať len Boh? Ako sa zrodilo toto dieťa? Čo roztĺklo jeho srdiečko? Je výsledkom dokonalého spojenia alebo zásahu vyššej moci? Je teda naplnenou túžbou, teda pravým zázrakom? No čo ak ide o zázrak vedy a zásluhu niekoho cudzieho, kto uspel tam, kde sa Boh nepresadil a toto dieťa bude musieť samo rozhodnúť o svojom vlastnom osude, rovnako ako každý z nás rozhoduje o svojom živote? Čo mu poviem, keď sa narodí? A čo poviem Scullyovej? A sám sebe?"

Scullyovej mama Margaret pomáha v byte svojej dcéry s výzdobou na nadchádzajúce posedenie konajúce sa pri príležitosti toho, že Scullyovej sa už o pár dní narodí dieťatko. Margaret by už chcela poznať pohlavie dieťaťa a tvrdí, že si je istá, že to je chlapec. Už sa nevie dočkať, kedy jej to jej dcéra povie, no Scullyová jej to ani nepotvrdí ani nevyvráti a Margaret bude ešte zopár dní musieť vydržať. Ku dverám prichádza žena, ktorú Scullyová ešte nepozná. Volá sa Lizzy Gillová a Margaret ju požiadala, či by Scullyovej nepomohla s prípravami na oslavu. Margaret dcére takisto naznačí, že Lizzy je i dobrá detská opatrovateľka. Scullyová neskôr sedí vo svojej obývačke obkolesená Margaretinými priateľkami spolu s Lizzy. Scullyová otvára darčeky, z ktorých je zrejmé, že pohlavie dieťaťa ešte nikomu neprezradila. Napriek tomu má z darčekov veľkú radosť. Lizzy využije jej chvíľkovú nepozornosť a v Scullyovej spáľni v jednej z fľaštičiek vymení lieky. Zatiaľ na inom mieste v Germantowne v Marylande sa v budove spoločnosti Zeus Genetics (epizóda "Per Manum") ukáže Billy Miles (naposledy sme ho videli v epizóde "DeadAlive"). Dr. Lev sa ho pýta čo tu chce a Billy doktorovi vraví, že mu prišiel potvrdiť, že jeho práca sa zakončila úspechom. Dr. Lev práve v rukách drží novorodeného mimozemšťana, keď ho Billy zdrapne a v momente ho zabije. Na doktorovo telo potom vyleje žieravú chemikáliu a podpáli celé laboratórium.

Je sobota ráno a Doggett si práve doma čistí zbraň, keď mu niekto zaklope na dvere jeho domu. Za dverami stojí Mulder, ktorý Doggetta pobáda k tomu, aby si zapol televíziu, v ktorej práve informujú o požiari v genetickom laboratórium. Mulder zatiaľ neinformovanému Doggettovi povie, že ide o budovu spoločnosti, pre ktorú spolu s Dr. Levom pracoval i Scullyovej bývalý lekár Dr. Parenti. Doggett si spomenie na to, že Scullyová mu pred časom spomínala, že tam podľa nej robili nepovolené pokusy. Doggett Mulderovi v budove Ústredia FBI povolí vstup do miestnosti s dôkazmi. Jeho priateľ agent Crane (z epizód "Within" a "Without") Doggettovi pripomína, že Mulder už viac v FBI nepracuje, no Doggettovi to neprekáža. Mulderovi zatiaľ telefonicky policajti oznámia, že sa im podarilo skontaktovať sa so všetkými pracovníkmi zničenej výskumnej pobočky okrem jedného jediného - Dr. Leva. Lev bol zakladateľom spoločnosti Zeus Genetics a spoluzakladateľom bol Scullyovej bývalý lekár Dr. Parenti (epizóda "Per Manum").

Mulder spolu s Doggettom preto mieria za Parentim do jeho ordinácie. Keď im nikto neotvára, Mulder smelo vypáči zámok a s Doggettom vstúpia dovnútra. "Keď nás tu chytia, poviem im, že som tu s vami," vraví Mulder. Doggett ako prvý vstúpi do Parentiho pracovne a zakričí na Muldera, aby sa prišiel pozrieť na to, čo našiel. Ešte predtým však Muldera na ceste do pracovne zastaví samotný Parenti, ktorý sa ho pýta, čo tu robí a chce ho vyhodiť von, no preruší ich Doggett. Spolu vstúpia do Parentiho pracovne, v ktorej sú pozdĺž stien miestnosti umiestnené nádoby s deformovanými plodmi. I keď Parenti vraví, že pracuje na tom, aby podobným vrodeným defektom zabránil, Mulder ho obviní z toho, že nejako ublížil Scullyovej. Parenti trvá na tom, že Scullyovej dieťa je absolútne v poriadku a vraví, že to vie i samotná Scullyová. Doggett Muldera presvedčí, aby Parentiho nechal na pokoji. Scullyová zatiaľ u seba doma užije lieky a Lizzy jej prichádza zaželať dobrú noc. Scullyová jej poďakuje za jej pomoc, vôbec netušila, ako veľmi jej jej pomoc príde vhod. Lizzy sa s ňou rozlúči a vonku na ňu už čaká auto, za volantom ktorého sedí Duffy Haskell (z epizódy "Per Manum"). Lizzy mu povie, že si získala Scullyovej dôveru. "Výborne, o pár dní to máme za sebou," vraví Duffy a spolu odchádzajú preč.

Doggett sa opäť porozpráva s Craneom, ktorý mu povie, že vo zvyškoch z laboratória našli ľudské zuby a vyžiadali si Levove zubné záznamy, aby zistili, či patria práve Levovi. Dr. Parenti je práve na odchode domov, keď do jeho pracovne vstúpi Billy. Mulder a Doggett sa rozhodnú ešte raz sa porozprávať s Parentim. Spočiatku ho v pracovni nikde nemôžu nájsť, až kým vzápätí Doggett v jednej zo sklenených nádob neobjaví Parentiho hlavu oddelenú od tela. Mulder vo vedľajšej miestnosti uzrie Billyho, ktorého práve vyrušili pri práci. Po Doggettovom boku sa roztriešti sklenená stena, cez ktorú do Parentiho pracovne preletí Mulder, ktorého tam sotil Billy. Na druhej strane diery v stene sa ukáže Billy, pričom si Doggett na jeho krku všimne veľkú jazvu. Blíži sa k Doggettovi a keďže nereaguje na Doggettove varovania, Doggett naňho vypáli zo svojej zbrane a niekoľkokrát ho zasiahne do hrude, no Billymu to vôbec neprekáža a naďalej sa blíži k Doggettovi. Doggett sa preto rýchlo zasunie do susednej miestnosti a pripraví sa na útok, no Billy ho nechá na pokoji a okráča preč. V miestnosti po ňom zostane len Mulder v bezvedomí ležiaci na podlahe.

Scullyová neskôr u seba doma Mulderovi ošetrí tržnú ranu nad jeho pravým obočím. Mulder jej i Doggettovi povie, že Billy sa teraz stal akýmsi mimozemským replikantom a kompletne sa zmenil. Doggett s ním však nemôže súhlasiť, keďže Mulder vo všetkých svojich spisoch tvrdil, že mimozemská krv je zelená, kdežto Billy krvácal červenú krv, avšak Mulder si myslí, že Billy sa od ostatných líši preto, lebo bol pôvodne človekom, ktorého uniesli a neskôr vrátili späť. Doggett si je vedomý toho, že to isté sa stalo i Mulderovi. To však nie je tak celkom pravda, lebo Scullyová prišla na spôsob, ako transformácii zabrániť a Muldera včas vyliečila. Scullyová chce vedieť, o čo vlastne Billymu ide. Mulder trvá na tom, že Billy nielenže ničí všetky dôkazy, ale zároveň i hľadá ďalšie stopy. Parenti bol predsa Scullyovej lekárom. Scullyová napriek tomu Muldera uisťuje, že jej dieťa je v poriadku. Potvrdila jej to i jej nová lekárka, ktorej môžu veriť. Mulder jej iba povie, že si chce byť istý tým, že sa nestane nič nepredvídaného a dieťa sa narodí bez akýchkoľvek komplikácii. Ku Scullyovej zatiaľ prichádza Lizzy, ktorá mieri do Scullyovej spáľne, z ktorej zavolá Duffymu. Povie mu, že Scullyovej kolegovia sú im na stope. Duffy ju uisťuje, že všetko teraz beží podľa plánu, keď práve vtedy k nemu zozadu podíde Billy. Billy napne rameno a jediným silným úderom Duffyho zabije a oddelí mu hlavu od tela.

Doggett mieri do ilegálneho genetického laboratória, v ktorom mu Skinner ukáže Duffyho telo. Našli sa tu i záznamy, že Duffy pracoval s Parentim a spolu monitorovali Scullyovej tehotenstvo. Dovnútra vstúpi i Mulder a Skinner mu hovorí, že s ním musí hovoriť, lebo si spolu musia niečo vyjasniť. Skinner sa Muldera pýta na Scullyovej tehotenstvo, na to, kto je otcom. "Ak chcete vedieť, kto je otcom, tak to je čisto Scullyovej vec. No ak chcete vedieť, ako je možné, že žena, ktorá mala byť neplodná a neschopná počať bude o pár dní rodiť, tak na to vám odpovedať neviem," reaguje Mulder. Skinner na Muldera tlačí slovami, že im nezostáva veľa času a dôkazy naznačujú, že v nebezpečenstve sa môže ocitnúť i Scullyová. Dá Mulderovi svoj mobilný telefón, aby jej zavolal. Scullyová sa práve sprchuje a preto zakričí na Lizzy, aby to zodvihla za ňu. Lizzy sa však neozýva. Preto Scullyová vyjde zo sprchy a zodvihne sama. Je to Mulder a vraví, že sa s ňou okamžite musí stretnúť, lebo sa objavili nové dôkazy. Keď Scullyová začuje podozrivé zvuky zo svojej spáľne zloží a vkročí dovnútra, kde uvidí, ako jej Lizzy zamieňa lieky. Scullyová sa na ňu nahnevá a pýta sa jej, čo to má znamenať.

Scullyovej neskôr jej lekárka povie, že Lizzy jej podstrčila iba nejaké vitamíny, čo však nedáva žiadny zmysel, lebo Scullyová je zdravá a v poriadku. Scullyovej mama sa jej za Lizzy ospravedlní a prisahá, že by jej nikdy vedome neublížila. Scullyová vie, že mama jej hovorí pravdu. Obe sa objímu. Skinner zatiaľ Muldera požiada, aby s ním šiel do jeho pracovne, kde už Doggett istý čas vypočúval Lizzy. Lizzy im všetkým povie, že ľudia, pre ktorých pracovala by kvôli svojmu výskumu boli ochotní i zabíjať. Už roky pred klonovaním ovcí či kráv pracovala vo výskumnom laboratóriu, kde sa pokúšali klonovať ľudí. I keď ich výskumy nevykazovali žiadne pozitívne výsledky, vo výskume bolo preinvestovaných mnoho peňazí, pričom výskumy nariadili a riadili istí muži pracujúci pre vládu, ktorí sú však už teraz všetci mŕtvi. Výskum však pokračoval i bez nich a zlom nastal vo chvíli, keď sa výskumníkom úspešne podarilo sklonovať ženské vajíčko s mimozemskou DNA, ktorú mali od roku 1947. Splodili tak mimozemské deti, ktoré porodili niekoľké matky, ktoré podstúpili proces umelého oplodnenia. Mimozemské deti však po niekoľkých dňoch všetky umreli a ich telesné tkanivo bolo využité pri klonovaní ďalších tkanív pri iných výskumoch, o ktorých však už Lizzy nič nevie. Vie iba to, že výskumy robili pre dobro nás všetkých. Mulder sa jej nahnevane pýta na Scullyovú a Lizzy trvá na tom, že Scullyovú mala len chrániť. Scullyová i jej dieťa sú v poriadku, avšak Scullyovej dieťa je veľmi výnimočné a v podstate je vyvrcholením výskumu trvajúceho niekoľko desaťročí. Scullyovej sa má narodiť dokonalé pozemské dieťa bez akýchkoľvek ľudských slabostí.

Mulder sa nahnevane vyrúti von z miestnosti a Doggett beží za ním, no zastaví ho agent Crane, ktorý mu povie, že im volal Billy a chce sa im vzdať. Mulder medzičasom dorazil ku Scullyovej domov a pobáda ju, aby sa rýchlo pobalila, lebo odchádzajú preč. Scullyová mu so slzami na krajíčku vraví, že jej dieťa je v poriadku, Mulder ju však uisťuje, že mu ide len o jej bezpečie, rovnako ako i o bezpečie jej dieťaťa a teraz im hrozí veľké nebezpečenstvo. Zazvoní telefón. Volá Doggett a Mulderovi povie, že dorazili na miesto určenia, no Billy tam nie je. Zrazu vypadnú svetlá potom, ako niekto prerušil prívod elektrického prúdu. Mulder a Scullyová urýchlene vybehnú von a nasadnú do Mulderovho auta, avšak až prineskoro zisťujú, že auto je z oboch strán zablokované. Na ceste sa objaví Billy a približuje sa čoraz bližšie, no na poslednú chvíľu ho zrazí iné auto. To podíde bližšie k Mulderovi a Scullyovej a obaja vidia, že auto šoféruje Alex Krycek. Kričí na nich, aby nasadli k nemu do jeho auta. Obaja na chvíľu zaváhajú, keď však vidia, ako Billy pohotovo vstáva zo zeme neváhajú a nasadnú do Krycekovho auta a spolu v aute odchádzajú preč.

Mulder, Scullyová, Doggett, Skinner a Krycek mieria do Skinnerovej pracovne. Doggett Krycekovi ani trochu neverí, no Mulder ho vyzve, nech im povie o Billym. Krycek im všetkým povie, že takých ako Billy bude viac a v podstate ich nemožno zastaviť. Kolonisti sa takto snažia eliminovať hrozbu, že po kolonizácii planéty budú na Zemi i takí jedinci z ľudskej populácie, ktorí sa im budú schopní postaviť na odpor. Nepočúvajú nikoho, len svoj vlastný pud po sebazáchove. Preto chcú i Scullyovej dieťa. Scullyová netuší prečo. Má sa jej predsa narodiť úplne obyčajné dieťa. Krycek vraví, že jej dieťa je zázrakom, keďže ho počala vo chvíli, keď bola neplodná. Kolonisti sa ho boja, lebo možno bude dokonalejšie ako sú oni sami. Dokonalejšie ako my všetci ostatní. Skinner nerozumie tomu, prečo ho Krycek pôvodne chcel zabiť a Krycek na to reaguje slovami, že chcel zničiť pravdu predtým, ako by sa o nej dozvedeli ostatní. Nevie, ako sa to všetko Kolonisti dozvedeli. Mulder je presvedčený, že to znamená, že existuje akási vyššia moc, niečo ako Boh. Doggett nechápe prečo všetci Krycekovi tak ľahko uverili. Krycek vraví, že je mu jedno, či mu veria alebo nie, teraz si však bez ohľadu na okolnosti nemôžu dovoliť urobiť žiadnu chybu. Už je príliš neskoro. Žiadna nemocnica nie je dostatočne bezpečná a asi sa im už nepodarí ani len dostať sa z tejto budovy.

Doggett sa telefonicky spojí s Reyesovou, ktorá práve autom mieri do budovy Ústredia FBI, z ktorej jej práve Doggett volá. Doggett schádza dolu do garáží a keď tam prichádza i Reyesová, volá Mulderovi a Skinnerovi, aby Scullyovú vzali k nemu dolu. Tí teda nastúpia do výťahu, pričom Skinner Krycekovi zabráni, aby šiel s nimi a nechá ho stáť hore na chodbe pred výťahom. Reyesová je už pri Doggettovi, keď vtom Doggett uvidí i Billyho. Okamžite volá Mulderovi a Skinnerovi, ktorí so Scullyovou práve vystúpili z výťahu. Všetci opäť rýchlo nastúpia dovnútra predtým, ako k nim stihne pribehnúť Billy, ktorý sa putí bežať hore schodmi, aby ich dostihol hore v budove. Trojica výťahom prichádza na poschodie, z ktorého práve zostúpili dolu. Dvere a otvoria a stojí v nich Krycek, ktorý sa vôbec nepohol z miesta, akoby vedel, že sa vrátia za ním. Musia konať rýchlo. Mulder Scullyovú zverí pod Krycekovu ochranu a so Skinnerom vo výťahu mieria hore. Scullyová a Krycek sa schovajú a Billy nevedomky prebehne okolo nich a beží za výťahom. Krycek Scullyovej pomôže dostať sa až do garáží. Tam už čaká Doggett, spolu Scullyovú usadia k Reyesovej do auta a agentky odchádzajú preč. Billy zatiaľ vybehne hore na strechu budovy, kde uvidí Skinnera, ktorý zaspätkuje až k okraju budovy. Billy pristúpi ku Skinnerovi a v tej chvíli do neho zozadu vrazí bežiaci Mulder. Je to dosť na to, aby Billy stratil rovnováhu a prevalil sa cez okraj budovy a spadol dolu do smetiarskeho auta. Kompaktor ho zatlačí dovnútra predtým, ako Billy stihne vstať a utiecť. Reyesová pri východe z garáží autom takmer zrazí agenta Cranea, ktorý jej rukami zamáva, kam má ísť, aby sa vyhla smetiarskemu autu. Reyesová tak urobí. Keď prechádza okolo Cranea my diváci vidíme, že podobnú jazvu ako Billy má na krku i Crane.

Pokračovanie nabudúce ...