Mulder sa s novými silami tajne púšťa do neoficiálneho vyšetrovania údajnej samovraždy štátneho úradníka na pozemku Bieleho domu a spojenia tohto incidentu s väzňom na úteku, ktorý vie niečo, kvôli čomu mu ide o krk. Pri odhaľovaní nitiek nebezpečného sprisahania Mulder so Scullyovou riskujú nielen svoje životy, no i budúcnosť Aktov X. Doggett má čo robiť, aby s nimi udržal krok a získal si Mulderovu dôveru.
(pokračovanie predchádzajúcej epizódy)
Pred bránou vedúcou na pozemok Bieleho domu stojí skupinka ľudí s fotoaparátmi v rukách. Jeden muž tajne prelezie cez plot a beží k budove, ktorá je rezidenciou amerického prezidenta. Ešte vonku na trávniku ho však zadržia strážnici z prezidentskej ochranky. Zrazia ho k zemi a držia ho tam, pričom muž kričí na všetkých okolo, že musí hovoriť s prezidentom, lebo Spojené štáty sa chystajú ovládnuť cudzinci z vesmíru. V tom okamihu zaznie výstrel. Muž sa nepochopiteľne zastrelil svojou vlastnou zbraňou. Jeho teraz bezvládna ruka zviera CD-čko, na ktorom je perom napísané "Bojujte s budúcnosťou" (tak znel podtitul filmu Akty X).
Mulder sedí v nemocnici a dotýka sa rán na svojej tvári a hrudi, ktoré sú následkami experimentov, ktorým bol vystavený, pričom sa mu mysľou preháňajú desivé spomienky na to, ako ho na mimozemskej lodi krájali na kusy. Vystrašený vstane a do izby vkročia Scullyová spolu s Dr. Limom. Scullyová sa ho pýta, či je v poriadku a keď jej Mulder povie, že áno, Scullyová mu povie, aby sa posadil, no priniesli mu len a len dobré správy. Doktor mu povie, že jeho uzdravenie sa je minimálne rovnako neuveriteľné ako to, ako vstal z mŕtvych. Scullyová mu povie, že mozgová nemoc, ktorou trpel následkom operácie na jeho mozgu (trilógia "Biogenesis"/"The Sixth Extinction"/"The Sixth Extinction II: Amor Fati") je preč. Transfúzie a antivírové lieky, ktoré mu s nimi podávali pomohli jeho telu zbaviť sa vírusu, ktorý ho ovládal. Zdá sa, že rany na jeho tvári, rukách, nohách i hrudi sa spontánne liečia jedna za druhou. Jeho zdravotný stav je skrátka bezchybný. Scullyovú poteší, že Mulderovi sa rýchlo vrátil i jeho suchý humor. Scullyová Muldera vezme do jeho bytu. Mulder vstúpi dovnútra a zdá sa mu, že sa tam niečo zmenilo. Scullyová namieta, že to je tým, že tam má konečne čisto, čomu sa Mulder pousmeje a Scullyová mu potom povie, že mu uhynula jedna z jeho akváriových rybičiek. Mulder sa konečne posadí a Scullyová mu úprimne povie, ako sa v poslednej dobe cítila, po jeho únose i po jeho pohrebe. Mulder s humorom tvrdí, že sa mu vidí, že Scullyová je z toho všetkého riadne prekvapená. So slzami v očiach sa mu Scullyová prizná, ako veľmi túžila, aby sa znovu vrátil a ako sa jej to splnilo. Mulder vraví, že tých splnených prianí asi bude viac a pozrie sa na jej prečnievajúce bruško. Povie jej, akú z toho má obrovskú radosť a že vie, čo všetko to pre ňu znamená. Scullyová ho preruší, no vzápätí Mulder preruší ju, lebo jej chce povedať niečo dôležité, niečo, čo ho veľmi trápi. Po chvíľke neistého mlčania jej Mulder povie, že vôbec netuší, kde je teraz jeho miesto v živote a len s problémami si privyká všetkým zmenám okolo. Všetko je iné a on nevie, kam do toho všetkého zapadá.
Zatiaľ vo federálnom nápravnom zariadení v okrese Perkey v Západnej Virgínii strážnik Absalomovi k jeho cele prinesie knižku. Absalom mu spočiatku nevenuje pozornosť, no nakoniec si knižku od strážnika vezme. Je to kniha o prichádzajúcej apokalypse, vnútri ktorej Absalom nájde vystrihnutý článok z novín o úmrtí jedného z komisárov majúcich na starosti sčítanie ľudu Howarda Salta, ktorý umrel na trávniku priamo pred Bielym domom. Doggett a Skinner prichádzajú do Kershovej kancelárie. Kersh im povie, že Scullyová ho písomnou formou oficiálne požiadala o znovupridelenie Muldera k nej na oddelenie Aktov X. Kersh spomenie, že si všimol, že Scullyová s Doggettom počas svojej spolupráce na Aktoch X uzatvorili viac prípadov ako Mulder so Scullyovou za celých sedem rokov. Skinner namieta, že to nie je fér, no Kersh ho preruší slovami, že rátal uzatvorené prípady, v ktorých neboli spomínaní žiadni návštevníci z vesmíru. Doggett Kershovi tvrdí, že Kersh ho predsa nemôže žiadať o to, aby Mulderovi povedal, že v Aktoch X skončil. Mal predsa Muldera len nájsť, nie sa mu teraz stavať do cesty. Kersh kruto dodá, že Doggett by teda bol určite radšej, keby Kersh Akty X uzatvoril. Potom by obaja dosiahli to, o čo im išlo už od samotného začiatku. Doggett však zjavne od začiatku svojej práce na Aktoch X zmenil rebríček svojich priorít.
Mulder práve leží doma na gauči, keď k nemu prichádzajú Scullyová a Skinner. Mulderovi sa zdá čudné, že Kersh mu chce prideliť nejakú prácu v kancelárii. Scullyová si naopak myslí, že Kersh svojím postupom chce docieliť, aby Mulder z FBI odišiel. Skinner odhaduje, že Kershovi možno ide ešte o viac - chce Muldera potrestať a ponížiť. Scullyová sa Muldera pýta, či plánuje len tak vysedávať doma a čakať, čo sa stane. Mulder pozrie na Scullyovú a presne vie, kam tým Scullyová mieri. Povie jej však, že o pár mesiacov ju čaká pôrod a potom ju v živote budú zaujímať oveľa dôležitejšie veci ako či Akty X budú alebo nebudú existovať. Skinner na druhú stranu vie, že Kersh sa Akty X uzatvoriť nechystá, no ide mu o to, aby im šéfoval Doggett. Mulder si je istý tým, že Kersh vie, čo robí, no Doggetta ešte nepozná. Scullyová mu povie, že Doggetta k nej pridelili preto, aby jej Muldera pomohol nájsť. I keď Doggett s vyšetrovaním prejavov nadprirodzených javov nemá veľa skúseností, podľa Scullyovej je dobré aspoň to, že Doggett je na ich strane. Mulder konečne vstane a odchádza sa prezliecť. Po prvýkrát po niekoľkomesačnej prestávke sa cíti byť pripravený vrátiť sa do práce. Scullyovej a Skinnerovi to potajme urobí radosť.
Absalom zatiaľ pracuje vo väzenskom pracovnom tábore. Lopatou narazí do niečoho v zemi. Zohne sa a zodvihne kus dreva, z ktorého vytŕča klinec. Absalom si drevo tajne vezme so sebou. Keď všetci väzni nasadajú do policajných áut, aby ich previezli naspäť do väzenia, Absalom kusom dreva podriape tvár jedného zo strážnikov, čím sa mu naskytne príležitosť utiecť. Policajti sa ho pustia naháňať, no Absalom prebehne cez koľajnice tesne pred príchodom prichádzajúceho vlaku a kým policajti musia čakať, kým okolo nich neprejde celý vlak, Absalom im unikne. Doggett neskôr prichádza domov, no len aby zistil, že tam už naňho so zbraňou v ruke čaká Absalom.
Absalom Doggetta pritisne ku stene a núti ho, aby si kľakol na kolená. So slovami, že sa chce uistiť, že Doggett je stále Doggettom sa mu pozrie zozadu na krk. Doggett Absalomovi chce pomôcť, no Absalom ho považuje len za nevedomého pešiaka, ktorý sa zaplietol do hry, ktorej nerozumie. Povie však Doggettovi o tom, ako o život prišiel Salt a že teraz je na rade i Absalom. V Ústredí FBI zatiaľ Skinner zhromaždí skupinku agentov, ktorých úlohou je pátrať po Absalomovi. Agentom povie, že Absalom na stenu svojej cely naškriabal slová "Bojujte s budúcnosťou". Zrejme sa odvoláva sa chystanú mimozemskú kolonizáciu planéty. Skinner im ukáže i fotky unesených s ranami na telách, no agenti sa tomu všetkému len pousmejú. Fotky sú však podľa Skinnera jasným dôkazom toho, že mimozemské únosy sa skutočne odohrali. Skinner agentov rozpustí a podíde ku Scullyovej, ktorá sa po celý čas telefonicky snažila skontaktovať s Doggettom, no ten to nezdvíha. Scullyovú a Skinnera vzápätí do kancelárie Aktov X zavolá Mulder. Obaja si spočiatku myslia, že ide o niečo vážne, no nájdu ho tam s nohami vyloženými na stole. Sarkasticky sa ich pýta, kde Doggett trčí a kedy vlastne chodí do práce. Keď mu Skinner povie, že Doggetta pridelil ako veliaceho agenta na pátranie po Absalomovi Mulder toto pátranie spojí s úmrtím Howarda Salta, ktorý tiež patril k ľuďom, ktorých mnohokrát uniesli a podľa Muldera ho zabili preto, lebo vedel niečo, čo má zostať utajené. Scullyovej sa nezdá, že sa po čase opäť objavujú stopy sprisahania na najvyšších miestach, no Mulderovu teóriu akceptuje ako prijateľnú. Človek ako Mulder musí byť paranoidný, lebo iba tak sa niekedy dopátra k pravde. Rovnaké pohnútky ho vedú i do miestnosti s dôkazmi, kde sa Mulder chce pokúsiť nájsť Saltove osobné veci, ktoré FBI ako dôkazy zadržala po jeho úmrtí. Scullyová ho varuje, že ak z miestnosti vezme čo i len nejakú maličkosť, ide o priestupok a Kersh bude mať dostatočný dôvod k tomu, aby mu dal výpoveď. Scullyovej pohľad na celú vec je správny, no Mulderovi ide o pravdu, rovnako ako Scullyovej, takže nemajú na výber. Nájde laptop, zapne ho a agenti zisťujú, že sú v ňom uchované údaje, ktoré zaberajú celých 10 gigabytov pevnej pamäte. Celý súbor je však zašifrovaný. Mulder z laptopu vyberie hard-disk a Scullyová sa podujme zistiť, čo sú to za údaje.
Absalom Doggetta vezme so sebou do centra Štatistického úradu. Strážnik ich vpustí dovnútra potom, ako mu Doggett ukáže svoj odznak agenta FBI, no keď prejdú cez röntgenovacie zariadenie, všimne si ručnú zbraň prilepenú na Doggettovom chrbáte, ktorý mu tam prilepil Absalom. Doggett Absalomovi povie, že už sa ďaleko nedostanú. Prichádzajú ich zadržať strážnici z ochranky, no Absalom tvrdí, že zbraňou mieri Doggettovi na hlavu. Doggett vie, že Absalom hovorí pravdu a preto na strážnikov kričí, aby nerobili žiadne hlúposti, no jeden zo stražnikov na poslednú chvíľu Absaloma výstrelom zo svojej zbrane zasiahne do hlavy a Absalom umiera.
Keď Skinner neskôr vypočúva Doggetta, Doggett mu povie, že Absalom tvrdil, že informácie, ktoré Salt nazhromaždil sú dôkazom existencie bytostí z vesmíru tu medzi nami. Do Skinnerovej kancelárie prichádza Mulder a Skinnera sa pýta, či ten druhý muž je agent Doggett. Doggett sa postaví, aby si s Mulderom potriasli rukami, no k jeho veľkému prekvapeniu ho Mulder sotí naspäť do kresla, v ktorom sedel. Mulder si totižto myslí, že Doggett má priamu zásluhu na tom, že ich jediný žijúci svedok, ktorý im mohol mnoho vysvetliť, je teraz po smrti. Doggett si preto prstom ukáže na krvavý škrabanec na svojej tvári a pýta sa Muldera, či si všimol, ako vyzerá. Mulder nahnevane odchádza preč a o chvíľu po ňom odchádza i Doggett. Mulder mieri ku Scullyovej domov. Dvere mu otvorí Frohike, ktorý tvrdí, že to nie je fér, že Mulder bol niekoľko mesiacov po smrti a stále vyzerá lepšie ako on (Frohike). Vrúcne Muldera objíme a Mulder z toho má radosť, že sú ľudia, ktorým tu chýbal. Mulder vzápätí podíde i k Byersovi a Langlymu, ktorí sú rovnako šťastní, že Mulder je späť. "A nielen preto, lebo máme otázky týkajúce sa tvojej zásluhy na tej požehnanej udalosti," dodá Langly a mrkne na tehotnú Scullyovú. Mulder a Scullyová pozrú jeden na druhého a Scullyová Mulderovi povie, že sa im podarilo dešifrovať to, čo si Salt uložil na svojom hard-disku. Ide o mnoho adresárov plných súborov, ktoré Salt stiahol z počítačov Štatistického úradu v deň svojej smrti. Aby sa do údajov mohli pevno vlámať, budú potrebovať prinajmenšom heslo. "Sme síce v Amerike, no napriek tomu ak dostanete viac hlasov ešte to neznamená, že ste vyhrali," tajomne tvrdí Mulder. Doggett sa zatiaľ vonku na ulici stretáva s Knowlem Rohrerom (z epizódy "Per Manum"), ktorý má cez hlavu prehodenú kapucňu. Knowle mu poskytne nejaké informácie, no Doggett od neho chce, aby mu Knowle povedal niečo, čo Doggett ešte nevie. "Tri slová," odpovedá Knowle.
Doggett neskôr Scullyovej povie, že získal nejaké informácie pre Muldera. Mulderovi to osobne povedať nemôže, lebo vie, že Mulder mu neverí, no Scullyovej povie, že zistil, že Salt mal u seba CD-čko so slovami "Bojujte s budúcnosťou" napísanými na ňom. Scullyová vchádza k sebe domov a v byte už na ňu čaká Mulder. Tuší, že Scullyová práve niečo zistila, Scullyová sa mu však bojí povedať, čo to je. Skinner prichádza domov k Doggettovi. Povie mu, že mu práve volala Scullyová, ktorá má strach o Muldera potom, ako získal prístup k tajným údajom o osobách, ktoré eviduje Štatistický úrad. Všetci ľudia v zozname majú totižto rovnaký genetický profil. Mulder si vtedy niečo uvedomil a odišiel. Doggett si uvedomuje, že z toho, čo povedal Scullyovej a čo potom Scullyová povedala Mulderovi Mulder poľahky uhádol heslo umožňujúce mu prístup k tajným údajom. Skinner sa Doggetta pýta, kde tú informáciu získal, no Doggett mu to nepovie. Schytí svoj kabát a odchádza, lebo vie, kde Muldera nájde.
Doggett prichádza pred budovu Štatistického úradu, ktorú zo svojho auta práve sleduje Scullyová. Tá mu povie, že Mulder ju nepočúval a od ničoho ho nedokázala odhovoriť, napriek tomu, že riskuje, že ak ho tu chytia, príde o svoju prácu. Doggett od Scullyovej chce, aby - ak už nie kvôli Mulderovi - tak hlavne kvôli sebe čo najrýchlejšie odišla. Scullyová odmieta a Doggett rýchlo uteká preč. Scullyová naňho márne volá, aby sa vrátil. Osamelí strelci zatiaľ Mulderovi pomohli vyradiť bezpečnostný systém a Mulder prenikol dovnútra budovy. Dovnútra sa však teraz už poľahky dostane i Doggett a hľadá Muldera. Mulder zatiaľ prichádza k hlavnej počítačovej miestnosti a sadne si za počítač. Heslo "Bojujte s budúcnosťou" funguje a Mulder sa dostane dovnútra počítačovej siete. Vtedy k uzamknutej miestnosti pribehne Doggett. Búcha na sklenenú stenu a kričí na Muldera, aby odtiaľ okamžite vypadol, lebo mu ide o krk. Mulder ho však ignoruje, preto Doggett bez váhania vytiahne zbraň a sklenenú stenu prestrelí. Mulderovi tvrdí, že mu chce pomôcť, Mulder má však iný názor. Trvá na tom, že Štatistickému úradu sa podarilo vypracovať zoznam ľudí s rovnakým genetickým profilom, ktorí budú najvhodnejšími adeptmi na prijatie mimozemských génov, ktoré zmenia ich biológiu a ktovie čo všetko ešte. Ak nebudú ani ľuďmi ani mimozemšťanmi, čím teda budú? Zvonku z auta zatiaľ Scullyová volá Osamelým strelcom, aby ich informovala, že do budovy vstúpili ľudia z ochranky. Scullyová sa obáva toho, že Muldera podrazili a prišli si poňho. Keď to Strelci povedia Mulderovi, ten okamžite začne podozrievať Doggetta. Doggett mu nemá ako dokázať, že on v tom prsty nemá. Chytí Muldera za rameno a ťahá ho preč od počítača, napriek tomu, že Mulder vzdoruje. Keď však vysvitne, že Mulderovi sa k dátam nepodarí ani len dostať, nieto ešte si ich stiahnuť, Mulder sa Doggettovi podvolí a spolu utekajú preč. Strelci ich navedú k stropnej šachte, cez ktorú Mulder a Doggett utečú preč.
Doggett sa neskôr opäť stretne s Knowleom. Knowle tvrdí, že Doggettovi môže povedať len to, čo vie sám. Ako s tými informáciami Doggett naloží už nie je jeho starosť. Doggett si však domyslel, že Knowle mu dáva informácie len a len preto, lebo presne vie, ako s nimi Doggett naloží. Knowle vie, že Doggett ho potrebuje. Viac ako kedykoľvek predtým. I keď Doggett sa nechce nechať zneužívať na to, aby pátral po ľuďoch, ktorých dá vzápätí niekto zabiť, Knowle tuší, že Doggett si mylne myslí, že tu ide predovšetkým o Muldera. "Tu však ide o pravdu," vraví Knowle. Doggett sa pýta o akú pravdu a Knowle mu odpovie, že tú, ktorú má priamo pred očami pri vyšetrovaní Aktov X. Knowleovi ide len o to, aby Doggettovi správne ukázal, akým smerom sa vydať.
Doggett sa obráti a Knowle ho sleduje, ako odchádza preč. Kamera zozadu zaberie Knowleov krk. Vidíme na ňom veľkú jazvu. Zrejme ide o implantát. Alebo žeby nie?