V horskom teréne v Bluemonte vo Virgínii pristane helikoptéra a vystúpia z nej niekoľkí muži v oblekoch. Jedným z nich je Fox Mulder. Všetci nastúpia do autobusu, ktorý ich tunelom odvezie do podzemného vládneho komplexu. Mulder sa vnútri od skupiny tajne oddelí a pomocou elektronickej karty preniká stále hlbšie a hlbšie do zabezpečenej oblasti. Mieri k miestnosti s počítačmi. Napíše heslo a v texte, ktorý mu počítač vypíše je spomenutý dátum 22. decembra 2012. Dovnútra miestnosti vstúpi Knowle Rohrer. Medzi ním a Mulderom sa strhne bitka a Mulderovi sa podarí utiecť. Na konci chodby mu niekto otvorí dvere, Mulder vstúpi dovnútra a osoba potom dvere zamkne, aby Rohrer nemohol za nimi. Mulderovým záchrancom je Alex Krycek. Rozozvučí sa alarm a Mulder uteká preč. Na plošine ho však dostihne Rohrer. Mulderovi sa ho podarí sotiť dolu z plošiny a Rohrer dopadne na nekryté elektrické káble pod napätím. Mulder sa vyštverá späť na plošinu a tam už naňho čaká ozbrojená stráž. Nemá kam ujsť.

Zadržia ho a strčia ho do záchytnej armádnej cely. Uniformovaný strážnik sa ho pýta na čo myslí. Mulder vraví, že myslí na svojho syna a na jeho matku a strážnik ho preto týra a tlčie dovtedy, pokým mu Mulder nepovie to, čo chce strážnik počuť: že sa previnil tým, že ilegálne prenikol tam, kam nemal, že v každom ohľade sklamal a že za svoj zločin si zaslúži ten najtvrdší trest. O Mulderovom väznení sa od Kersha dozvedia Scullyová so Skinnerom. Muldera vraj zadržali za vraždu armádneho dôstojníka. Pod dozorom strážnika prichádzajú do jeho cely. Mulder stojí pri okne. Scullyová ho osloví, podíde k nemu a objíme ho. Dá mu pusu na líco, ale na Mulderovi nebadať žiadnu odozvu. Už sa dlho nevideli a ona oňho mala strach. Mulder Scullyovú oslovuje "Dana" a Skinnera "Walter" a je jasné, že mu niečo urobili. Tvrdí, že je v poriadku, no zabil človeka a za svoj zločin si zaslúži trest. Scullyová je jeho reakciou zmätená i ranená zároveň. "Čas vypršal," ozve sa strážnik a Skinner so Scullyovou musia odísť. Mulder sa ku Scullyovej obráti chrbtom a kráča naspäť k oknu. Scullyová zostane stáť na mieste, nespoznávajúc muža, ktorého poznala posledných deväť rokov. Skinner vykráča von z cely. Scullyová ho nasleduje, no vo dverách sa ešte raz obráti a zahľadí sa na Muldera. Mulder sa jej ani len nepozrie do očí, namiesto toho hľadí pred seba, kde pred ním stojí Krycek. Mulder sa ho opýta prečo mu pomáha. "Nemôžeš na to byť sám," odvetí mu Krycek. Strážnik Muldera schytí za ramená a ťahá ho von z cely.

O tom, čo sa prihodilo sa dozvedia i Doggett s Reyesovou. Armáda Muldera obviňuje z vraždy Knowlea Rohrera, no agenti vedia, že Rohrer je replikantom a nemožno ho zabiť, ale nemajú to ako dokázať. Scullyová odchádza za Kershom poprosiť o zľutovanie. Kersh neskôr prichádza za armádnym generálom Markom Suvegom. Generál je ochotný vyhovieť FBI a schváli ustanovenie armádneho tribunálu. Muldera má vypočúvať i súdiť FBI, avšak pod dohľadom armády. Kersh vie, že to by bol nezákonný postup, no generál chce mať istotu, že Mulderovi bude uznaná vina. Kersh napokon súhlasí.

Scullyová a Skinner sa opäť vrátia za Mulderom do jeho cely. Tentoraz sú v cele sami a Mulder sa im prizná, že vtedy pred strážnikom musel hrať divadlo. Nespúšťa pritom oči zo Scullyovej. Podíde k nej a Scullyová pochopí, že Mulder to všetko len predstieral. Mulder jej dá pusu a obaja sa objímu, neprerušujúc kúzlo tohto okamihu. Skinner ostýchavo sklopí zrak, doprajúc dvojici trochu súkromia. Po chvíľke Skinner Mulderovi povie o súdnom procese. Armáda ho viní z vraždy, ale Mulder vie, že nemajú telo, ktorým by svoje obvinenie podložili. Mulder od Skinnera chce, aby ho zastupoval pred súdom. Vie, že sprisahanci ho nemôžu súdiť bez toho, aby sa sami odhalili. Je si istý tým, čo robí. Dovnútra cely vstúpia i Doggett s Reyesovou, ktorí práve zistili, že Rohrerovo telo má byť uložené vo Fort Marlene. Scullyová neskôr od Muldera medzi štyrmi očami chce, aby sa jej priznal so všetkým, čo vie, inak súd prehrajú. Má strach, že ho opäť stratí. Rozplače sa a sama sa mu prizná s tým, že ich syna dala na adopciu a bojí sa, že Mulder jej to nikdy neodpustí. Mulder ju objíme. Vie, že nemala na výber. Povie jej, že bol v Novom Mexiku a hľadal tam pravdu. Scullyová chce vedieť čo zistil, no Mulder jej to radšej nechce povedať.

Armádny tribunál sa začína. Žalobcom je právnik z FBI, zvláštny agent Kallenbrunner. Procesu predsedá Kersh a po boku má piatich sudcov z vedenia FBI. Žalobca nemá žiadnych svedkov, ale súdu predostrie svedectvo skupinky 30-tich vedcov, ktorí boli svedkami toho, ako Mulder zabil Rohrera. Skinner chce požiadať o odročenie, lebo sa mu nepodarilo skontaktovať kľúčovú svedkyňu Maritu Covarrubiasovú. Kersh však nestrpí žiadne zdržanie a preto ako prvá v Mulderov prospech vypovedá Scullyová. Ako vedkyňa uverila v existenciu mimozemského života i vládneho sprisahania na zakrytie pravdy o jeho jestvovaní. Počas jej svedectva, podobne ako i počas svedectiev ďalších svedkov vidíme obrazový súhrn z predchádzajúcich mytologických epizód. Verí, že život na Zem priletel z vesmíru v podobe meteoritu, ktorý obsahoval i stopy mimozemského vírusu. Tento vírus v prehistorických dobách nakazil našich prapredkov a pozmenil ich fyziológiu. Dobu ľadovú vírus prečkal pod zemou, kde došlo ku kontaktu s ropou, ktorú vírus využíva ako médium. Vírus má svoju vlastnú inteligenciu a bol v kontakte s mimozemskou loďou, ktorá v roku 1947 havarovala v Roswelli v Novom Mexiku. Vláde sa po havárii mimozemskej lode podarilo získať mimozemskú technológiu a utajené vládne skupiny sa dozvedeli o pláne na prevzatie planéty. Opíše i to, ako ju v roku 1994 armádni pracovníci uniesli a podrobili ju mnohým testom, pri ktorých im šlo o vytvorenie rasy pozemsko-mimozemských hybridov, ktorí by boli otrokmi mimozemšťanov. Žalobca však poukáže na fakt, že Scullyová to nemá ako dokázať a naviac bola Mulderovou milenkou a mali spolu dieťa. Skinner okamžite vznesie námietku, ale už je neskoro -- žalobca dosiahol presne to, čo chcel: dokonale spochybnil Scullyovej svedectvo.

Ako ďalšieho svedka Skinner predvolá Jeffreyho Spendera, ktorý pred rokmi pracoval na Aktoch X a neskôr ho tiež podrobili testom, ktorými ho zohavili. Mulder ho odvtedy ešte nevidel a je skľúčený pohľadom na Jeffreyho znetvorenú tvár. Jeffrey vypovedá o svojom otcovi, Mužovi s cigaretou, ktorý stál na čele celého sprisahania. Jeffrey a Mulder sú nevlastní bratia. Opíše vraždu Billa Muldera i únos Mulderovej sestry Samanthy. Samanthu mimozemšťania neskôr vrátili späť a s Jeffreym vyrastali spolu. Únosy však pokračovali naďalej a to Samanthu nakoniec stálo život. Žalobca pri krížovom vypočúvaní predloží niekoľko Jeffreyho vyšetrovacích správ, ktoré Jeffrey napísal ešte predtým, ako sa dozvedel pravdu o svojom otcovi a dané správy Muldera nevykresľujú práve v tom najlepšom svetle.

Medzičasom v púšti vo Weed Hope v Novom Mexiku k odstavenému prívesu prichádza mladý Indián. Vnútri prívesu podíde ku Gibsonovi Praiseovi. Gibson vie, že Mulderovi ide o krk a potrebuje pomoc. Scullyová neskôr po vypočúvaní opäť prichádza za Mulderom do jeho cely. Mulder vie, čo od neho chce, ale tvrdí, že to neurobí. Scullyová ho napriek tomu požiada, aby sa priznal a bude ho čakať miernejší trest. To Mulder jednoznačne odmietne. Rovnako ako odmietne pred súdom vypovedať o tom, čo všetko vie. Scullyová chce, aby jej to konečne povedal, veď tento boj bojujú spolu a aby myslel na to, že tu nejde len oňho, ale i o ňu. Mulder mlčí. Ranená Scullyová odchádza a k Mulderovi v cele podíde Pán X. Usudzuje, že Mulder sa bojí povedať pravdu, lebo by to bolo zbytočné. Mulder nesúhlasí, pravdu nepovie preto, lebo ju odmieta prijať takú aká je. Pán X mu dá kus papiera, na ktorom je napísaná adresa, na ktorej nájde Maritu. Doggett a Reyesová sú doma u Doggetta a snažia sa zistiť kam bolo prevezené Rohrerovo telo, no bez úspechu. Vo dverách do Doggettovho domu sa ukáže mladý Indián, ktorý prišiel s niekým, kto chce pomôcť Mulderovi.

Pred súdom následne vypovedá i Marita Covarrubiasová. Jej bývalá práca pre Spojené národy jej umožnila presadzovať záujmy tajnej vládnej skupiny sprisahancov známej ako Syndikát. Pracovali na vývoji vakcíny proti mimozemskému vírusu a obete svojich testov stopovali pomocou očkovania proti kiahňam. Na vlastné oči videla, ako si ľudia v Rusku amputovali svoje ruky len kvôli tomu, aby sa vyhli ďalším mučivým testom. Marita Syndikát postupne znenávidela, začala pomáhať Mulderovi, ale členovia Syndikátu jej prišli na jej zradu a podrobili ju testom na vývoj vakcíny proti mimozemskému vírusu, čiernemu oleju. Syndikát vakcínu vyvíjal v utajení pred mimozemšťanmi, ale ich plány im prekazila mimozemská rasa rebelov, ktorí si zohavili svoje tváre, aby sa chránili pred nákazou čiernym olejom. Syndikát nakoniec pričinením rebelov zanikol, ale sprisahanie pokračuje naďalej. Vykonávateľmi sprisahania sú teraz samotní mimozemšťania a ich zámery presadzujú mimozemskí replikanti, takí ako Knowle Rohrer, ktorí sú náhradníkmi ľudí. Marita sa zdráha vypovedať ďalej. A odôvodnene. Má strach. Mulderovi niekto položí ruku na plece. Je to Krycek. Nikto iný okrem Muldera ho nevidí. Krycek mu povie, že ak bude Marita vypovedať ďalej, tak ju zabijú. Mulder Skinnera požiada, aby Maritu nechal tak, práve keď sa jej Skinner chcel opýtať na Knowlea Rohrera. Marita sa po prvýkrát odkedy vstúpila do súdnej siene pozrie na Muldera. Skinner ju prepustí a Marita sa vďačným pohľadom Mulderovi poďakuje. Mulder pritaká, tiež je vďačný za jej snahu pomôcť. Vtedy dovnútra súdnej siene vstúpi Doggett, ktorý priviedol Gibsona. Mulder vstane a je proti tomu, aby vypovedal i Gibson. Chce ho chrániť, no Gibson sa svedčiť rozhodol sám. Vypovedá, že Mulderovi posledný rok pomáhal ukrývať sa v púšti. Skinner súdu vysvetlí, že Mulder a Scullyová vedecky dokázali, že Gibson dokáže čítať myšlienky iných ľudí. Zaktivovala sa v ňom zvyšková DNA, ktorú pokladáme za mimozemskú a máme ju v sebe my všetci, lenže len v Gibsonovi je aktívna. Gibson sa porozhliadne po súdnej sieni a vraví, že jeden zo sudcov nie je človek. Ide o muža z vedenia FBI, o ktorom vieme, že je mimozemským replikantom. Mulder chce, aby sudcu prehliadli, no proti jeho vôli ho vyvedú von zo súdnej siene.

[Koniec prvej epizódy z dvoch epizód, ktoré tvoria jeden celok]

S Mulderom sa neskôr porozprávajú Doggett s Reyesovou, zatiaľ čo Scullyová zostala s Gibsonom. Gibson im povedal, že traja sudcovia z piatich sa ešte nerozhodli. Je najvyšší čas, aby vypovedal i Mulder. Mulder opäť odmietne, na čo sa Doggett s Reyesovou rozhodnú, že svedčiť budú i oni dvaja. Mulder je proti, vie, že ich to bude stáť miesto, no Doggett s Reyesovou sa už rozhodli. Chcú pomôcť.

Ako prvý svedčí Doggett. Jeho svedectvo je obzvlášť dôležité, lebo dosvedčí, že Knowle Rohrer je replikantom. Preto ho Mulder nemohol zabiť, lebo replikantov možno zabiť jedine prostredníctvom vzácneho kovu, magnetitu. Žalobca pri krížovom výpočúvaní poukáže na fakt, že títo replikanti/superžoldnieri sú podľa Muldera mimozemšťania, no Doggett nemôže odprisahať, že skutočne verí na mimozemšťanov. Na rade je Reyesová. Opíše, že replikanti boli pritom, ako sa Scullyovej narodil jej syn William. Scullyovú, podobne ako i mnohé iné ženy, využili ako náhradné matky. Jej dieťa bolo pre replikantov dôležité preto, lebo je prepojením medzi nami ľuďmi, replikantmi a mimozemšťanmi. Žalobcovi sa nepozdáva, že Scullyová by v takom prípade svojho syna dala na adopciu. Lebo ak by sa ho nevzdala, Mulder a Scullyová by mali dôkaz, ktorý by teraz Muldera zachránil, napriek tomu sa ho Scullyová vzdala. Žalobca spochybnil i Reyesovej svedectvo, i keď Reyesová vie, že súdu je jedno, čo museli Mulder a Scullyová za posledných deväť rokov obetovať, lebo stále nemajú potrebný dôkaz. "O čo tu ide? Zničiť muža, ktorý hľadá pravdu, alebo zničiť pravdu, aby ju už nik nenašiel?" pýta sa Reyesová sudcov.

Doggett a Reyesová večer prichádzajú za Scullyovou. Agentky odchádzajú do Quantica, kam bolo prevezené Rohrerovo telo a Doggett zostane s Gibsonom. Scullyová vykoná ohliadku kompletne spáleného tela a Reyesovú požiada, aby vypátrala Rohrerove armádne zdravotné záznamy. Po ohliadke tela je jasné, že nejde o Rohrera. To dokazuje, že Mulder je nevinný a Scullyová o tom chce vypovedať pred súdom, no Kersh jej výpoveď zamietne, lebo telo ohliadla bez povolenia. Súd dospeje k rozsudku nad Mulderom: vinný z vraždy prvého stupňa. Mulder sudcom zablahoželá k tomu, že uspeli tam, kde iní sklamali. Klamári sa pravdy neboja, ak držia spolu. Mulder sudcom povie, že ak nesie vinu, tak jedine za to, že si trúfol uveriť, že pravda vyjde najavo a že žiadna lož nebude žiť naveky. Vzadu za sudcami sa Mulderovi zjavia Krycek a Pán X. Doggett a Reyesová doma u Scullyovej čakajú na rozsudok. Oznámi im ho Skinner. Mulder bol odsúdený na trest smrti. Scullyová je v slzách.

K armádnej cele, v ktorej držia Muldera prichádza Knowle Rohrer. Mulder tam však už nie je - len pred chvíľou ho odtiaľ vyslobodili Skinner s Doggettom. Skinner má kľúče, no rozozvučí sa alarm. Trojica natrafí na Kersha, ktorý sa rozhodol urobiť to, čo mal urobiť už dávno: pomôže im utiecť. Všetci štyria utekajú k plotu, pri ktorom na nich čaká Reyesová. Opúšťajú armádnu základňu a v aute prichádzajú k ďalšiemu autu, v ktorom čakajú Scullyová s Gibsonom. Kersh Mulderovi a Scullyovej poradí, aby šli na sever, nasadli do lietadla a unikli z kontinentu. Je to jediná možnosť ako sa zachrániť. Mulder a Scullyová nasadnú do auta, ale namiesto na sever mieria na juh. Doggett a Reyesová Gibsona vezmú do kancelárie Aktov X a nachádzajú ju celú vyplienenú: bez vybavenia a bez kartoték s Aktami X. Doggett z podlahy zodvihne plagát "Chcem uveriť". Je koniec. Odchádzajú za Kershom, no vo dverách do jeho kancelárie sa ukáže muž z vedenia FBI, o ktorom vieme, že je mimozemským replikantom. Skinner vstúpi dovnútra. Gibson agentom povie, že ten muž, ktorý im otvoril vie kam Mulder a Scullyová mieria a chystajú sa ich tam zabiť.

Mulder a Scullyová cez hranicu odchádzajú do Nového Mexika. Mulderovi sa zjavia Osamelí strelci. Pýtajú sa ho načo riskuje svoje šťastie. Mulder im povie, že musí vedieť, či dokáže zmeniť pravdu. Mulder a Scullyová prichádzajú k starej osade po kmeni Indiánov Anasazi situovanej na úpätí vysokého brala. Mulder tvrdí, že tu žije mudrc, ktorý mu poslal kartu na vstup do armádneho komplexu, v ktorom ho našiel Rohrer. Tým mužom, ktorý tu strážil pravdu, sa ukáže byť Muž s cigaretou, s dlhými šedivými vlasmi. Muž s cigaretou vie, že Mulder tú pravdu už pozná, no pred súdom o nej nikomu nepovedal, i ak by mu mohla zachrániť život. Bolo to práve tu, kde sa Indiáni ukryli pred mimozemšťanmi, ktorí by vyhladili celý ich národ. Nachádza sa tu magnetit a preto tu boli v bezpečí. Boli to práve účinky magnetitu, ktoré spôsobili pád pôvodnej mimozemskej lode v roku 1947 v Roswelli. Muž s cigaretou chce Scullyovej rozpovedať celý svoj príbeh - príbeh, ktorý vystrašil každého amerického prezidenta. Mulder jej pravdu nepovedal, ale Scullyová ju chce poznať. Muž s cigaretou jej povie, že to zistili už starí Mayovia. Mali svoj kalendár, ktorý sa im zastavil na dátume 22. decembra 2012. To je dátum mimozemskej invázie, o ktorom vie i vláda a podzemný komplex, do ktorého Mulder prenikol je tajným vládnym úkrytom na dobu, keď sa to všetko začne. Muž s cigaretou po celé tie roky Muldera chránil.

K indiánskej osade už letia dve armádne helikoptéry. Iná helikoptéra tam vysadí Doggetta s Reyesovou práve vo chvíli, keď prichádza i Knowle Rohrer. Guľky z Doggettovej zbrane ho nezastavia, no magnetit z osady áno. Jeho účinok ho roztrhá na kusy. Doggett a Reyesová varujú Muldera a Scullyovú a agenti v autách opačnými smermi unikajú preč. Priletia helikoptéry a pomocou rakiet zničia celú indiánsku osadu s Mužom s cigaretou vnútri jeho chatky.

Muldera a Scullyovú uvidíme v motelovej izbe v Roswelli. Mulder sedí na podlahe, povedľa postele, na ktorej leží Scullyová. Konšpirátori si myslia, že umreli v osade. Mulder si spomenie na ich prvý spoločný rozhovor v podobnej motelovej izbe, kedy sa ju snažil presvedčiť o pravde a nakoniec sa mu to podarilo -- ale vo všetkom ostatnom sklamal. Dátum je stanovený a už sa to nedá zastaviť. Mulder a Scullyová vedia, že prehrali. Scullyová však vie i to, že Mulder jej celú pravdu nepovedal nie preto, že by sa bál, ale preto, lebo ju nemal v úmysle prijať takú aká je. Vie, že Mulder sa nikdy nevzdá a nevzdá sa ani ona. Obaja sa nesmú poddať tomu, čo sa chystá. Mulder chce uveriť, že mŕtvi sa nám prihovárajú a dodávajú nám silu k tomu, aby sme sa zachránili. "Tak to veríme tomu istému," povie mu Scullyová a Mulder sa dotkne jej krížiku. Obaja sa objímu. Majú jeden druhého, no na boj s pravdou im zostáva jediné: nádej.